年末調整のしかたをわかりやすく解説〜対象者や3つの手順、注意点など
従業員を雇っている場合、年末になると「年末調整」という手続きを行う必要があります。年末調整は、従業員ごとの調整が必要になり書類も多いなど、担当者の方にとっては手間と時間がかかる煩雑な業務の一つです。
そこでこの記事では、年末調整のしかたについて、対象者や手順、注意点などをわかりやすく解説します。
（監修：税理士法人シグマパートナーズ 堀内太郎 税理士）
目次
年末調整とは？
年末調整とは、従業員の給与から源泉徴収した所得税と、本来支払うべき所得税との差額を精算する手続きのことです。
まず、日本では所得税の申告・納税は納税者本人が行う「申告納税制度」が原則となっていますが、給与所得については勤務先の会社が代わりに申告・納税を行う源泉徴収という方法が採られています。
毎月従業員の給与から源泉徴収している所得税は、一定の基準に基づいて仮の金額を徴収しているに過ぎず、各人で異なる各種控除などを正確に把握できている訳ではありません。そのため、本来納めるべき所得税額との間に差額が生じてしまいます。
そこで年末調整をすることで、生じた差額を実情に沿った形で調整し、徴収した所得税が多ければ「還付」、少なければ「追加徴収」を行って精算する、ということになるのです。
年末調整の対象となる人は？
年末調整は、原則給与を支払った従業員が対象となります。そのため、役員・正社員のほか、パートやアルバイトなども年末調整が必要となります
ただし、給与所得者でも以下の場合には年末調整の対象外となります。
- 給与所得が2000万円を超える人
- 給与所得者の扶養控除等（異動）申告書（※）を提出していない人
- 災害減免法の規定により、本年分の給与に対する源泉徴収に猶予や還付がある人
- 年の途中で退職した人
- 源泉徴収の対象ではない人
従業員が副業をしている場合
先述のとおり、年末調整は扶養控除等申告書を提出している主たる就業先で行います。つまり、自社に扶養控除等申告書を提出している場合は自社で、他の勤務先に扶養控除等申告書を提出している場合はその勤務先で年末調整を行うことになります。
自社が副業先で、他の勤務先で年末調整を行う従業員には、年末調整をする前の源泉徴収票を発行します。
年収103万円以下の従業員の場合
年収が103万円以下の場合、給与所得控除55万円と基礎控除48万円を差し引くと課税所得が0円になるため、所得税は課税されません。
ただし、毎月の給与が変動する人の場合で、給与が8万8000円以上の月は源泉徴収を行うことになっています。
そうした場合には、年末調整で精算をして、源泉徴収した税額を全額還付する手続きを行います。
※給与所得者の扶養控除等（異動）申告書とは
給与所得者が、その給与について扶養控除などの諸控除を受けるために提出する書類です。「扶養控除等申告書」という名称ではありますが、扶養親族などがいない人も提出する必要があります。
勤務先が複数箇所ある場合は、メインで働いている勤務先に提出することになります。そのため提出がなければ年末調整を行う必要はありません。
なお雇用主側は、「給与所得の源泉徴収税額表」に基づき源泉所得税を計算しますが、給与所得者の扶養控除等申告書の提出があれば甲欄、なければ乙欄を参照して計算をします。
年末調整の期限
年末調整の期限は1月31日となっているため、期限に間に合うように準備します。
年末調整関連の書類が税務署から届いたら、10月下旬から11月中に従業員に必要書類を作成してもらいます。その書類を元に12月中に年末調整を行い、「源泉徴収票」など必要書類を税務署に提出します。
万が一誤りがあった場合でも期限内なら再提出可能なので、早めに終わらせるようにしましょう。
もし従業員からの書類の提出が年末調整までに間に合わなかったり、年末調整後に申告内容の誤りに気付いた場合、年末調整をやり直すかどうかは会社の任意となります。年末調整をやり直ししない場合は、従業員個人で確定申告をしてもらう必要があります。
年の途中で年末調整が必要になるケースに注意！
以下のような場合は、年の途中でも年末調整が必要になります。
- 海外の支店等に転勤し、非居住者となった場合
- 死亡による退職の場合
- 心身障害によって退職し、年内の就職が困難な場合
- 12月分の給与を受け取った後に退職した場合
- その年の給与見込額が103万円以下である人が退職した場合
年末調整を進める3つの手順
それでは、年末調整の具体的な手順を解説していきましょう。年末調整のしかたは、大きく以下の3つの手順にわけることができます
1.従業員から年末調整に必要な書類を収集【〜11月下旬】
年末調整に必要な書類を従業員に配布し、必要事項を記入してから提出してもらいます。その際に、生命保険料や地震保険料の控除証明書など、控除に必要な添付書類も一緒に提出してもらう必要があります。提出書類は以下のとおりです。
- 給与所得者の扶養控除等（異動）申告書（全員必要）
- 給与所得者の基礎控除申告書 兼給与所得者の配偶者控除等申告書 兼所得金額調整控除申告書（全員必要）※
- 給与所得者の保険料控除申告書（保険料控除やiDeCo等の掛け金がある人）
- 給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書（住宅ローン控除がある人）
年末調整に必要な書類は、国税庁ホームページからダウンロードできます。
年の途中で転職してきた従業員がいる場合は、前の会社の源泉徴収票も忘れずに提出してもらいましょう。
※令和6年分は「年末調整に係る定額減税のための申告書」との兼用様式となっています
年末調整の電子化
これまで紙での提出が必要だった、各種控除証明書類や控除申請書について、2020年の年末調整から電子化が実施されています。必要書類を電子で収集することにより、従業員と経理担当者双方の事務負担が軽減されます。
利用するには、従業員への事前周知を行うほか、税務署から承認を受ける必要があります。
2.給与所得控除後の給与額を計算する【〜12月中】
12月の給与が確定した時点で、その年の給与の合計額も確定することになるので、「年末調整等のための給与所得控除後の給与等の金額の表」を参考に、給与所得控除後の給与額を計算します。
また、併せて源泉所得税の合計額や給与から差し引いた社会保険料等の金額を集計しておきます。
集計については、あらかじめ「源泉徴収簿」を作成しておくと年末調整のときに便利です。
＜給与の支払が翌月の場合＞
年末調整は、本年中に支払いが確定した給与の総額に対して行います。この場合の収入の確定する日は、契約や慣習により支給日が定められている給与についてはその支給日、支給日が定められていない給与についてはその支給を受けた日をいいます。
つまり、1月1日～12月31日までに支払われた給与が年末調整の対象となるので、12月勤務分の給与が1月20日に支払われる場合は、この給与は本年中の年末調整には含まないことになります。
給与から各種控除を差し引く
給与所得控除後の給与額から、配偶者控除や扶養控除などの各種所得控除※を差し引いて「課税給与所得金額」を求めます。
従業員によって差し引く控除が異なるため、初めに提出してもらった書類をもとに計算をしていきます。
※年末調整で適用する所得控除の種類（上から適用順）
- 社会保険料控除：支払額の全額
- 小規模企業共済等掛金控除：支払額の全額
- 生命保険料控除：一定額
- 地震保険料控除：一定額
- 障害者控除：27万円
└特別障害者：控除額40万円
└同居特別障害者：控除額75万円 - ひとり親控除：35万円
- 寡婦控除：27万円
- 勤労学生控除：27万円
- 配偶者控除：13万円～38万円
└老人控除対象者配偶者：48万円 - 配偶者特別控除：1～38万円
- 扶養控除：38万円
└特定扶養控除：63万円
└老人扶養控除（同居）：58万円
└老人扶養控除（同居以外）：48万円 - 基礎控除：48万円
＜確定申告が必要になる控除＞
一部の控除は年末調整では適用できず、年末調整後に従業員本人が確定申告を行うことで適用されます。
- 住宅ローンを組んで住宅を購入した人→住宅ローン控除（2年目以降は年末調整可）
- 年間の医療費が10万円を超えた人→医療費控除
- ふるさと納税などの寄付をした人→寄附金控除
- 地震や台風など自然災害による被害を受けた人→雑損控除
所得税（年調年税額）の計算をする
課税給与所得金額を算出したら、「年末調整のための算出所得税額の速算表」を使用し、算出税額を確認します。算出税額から住宅ローン控除を差し引いたものが年調所得税額となります。
年調所得税額に102.1%乗じた、復興特別所得税を含む「年調年税額」が各人の納めるべき所得税額となります（100円未満切り捨て）。
なお、2024年の年末調整では、年末調整時点の定額減税額に基づき精算を⾏う「年調減税事務」が必要となります。
還付または徴収する（過不足金の精算）
源泉所得税が、年調年税額よりも多い場合は「還付」、少ないときは「徴収」を行います。
毎月の源泉所得税には各種控除が反映されていないため、基本的には還付となるケースが多くなります。還付や徴収は、12月分の給与で精算することが一般的ですが、会社によっては1月分の給与で精算することもあります。
3.年末調整書類を作成し税務署に提出する【〜1月31日まで】
年末調整の計算が終わったら、年末調整に必要な以下の書類を税務署や市区町村に提出します。
- 源泉徴収票
- 給与所得・退職所得等の所得税徴収高計算書（納付書）
- 給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表
- 給与支払報告書
「給与支払報告書」は税務署ではなく従業員の居住する市区町村に提出する必要があり、提出期限はいずれも1月31日となっているので、間に合うように作成しましょう。
年末調整を行うときの注意点
年末調整では、計算ミスや書類の記入漏れなどに気を付けることはもちろん、ほかにも注意しなければならないことがいくつかあります。
年末調整を怠ると懲役または罰金に
従業員に給与を支払っている雇用主には、源泉徴収や年末調整を行う義務があります。義務である年末調整を怠った場合には1年以下の懲役または50万円以下の罰金、徴収額を納付しなかった場合には10年以下の懲役または200万円以下の罰金もしくはその両方、といった重いペナルティが科せられます。
マイナンバーの提出を拒否されたら経過を記録
税務署に提出する源泉徴収票と給与支払報告書、扶養控除等申告書には、従業員のマイナンバーの記載が必要です。しかし、現在の法令では従業員が会社にマイナンバーを提出する義務はないため、なんらかの理由で記載を拒否される可能性もあります。
そのような場合は、従業員に提出を求めた経過等を記録、保存し、義務違反ではないことを明確にしておく必要があります。なお、経過記録には、提出を拒否した理由までは記載する必要はありません。「いつ提出を求め、その結果、提出を拒否された事実」を記録しておきましょう。
年末調整の書類は7年間保存が必要
会社などの源泉徴収義務者は、税に関する書類を保管しなければならないことになっています。保管期間は、所得税の徴収権の消滅時効に合わせて、申告書等の提出期限が属する年の翌年1月10日の翌日から7年間です。
税務調査などによって税務署から書類の提出を求められた場合に対応できるように、きちんと保管をしておきましょう。
年末調整を効率的に行うには？
このように、年末調整は煩雑で、時間のかかる作業です。そのため効率的に行うために、給与計算ソフトを導入したり、税理士にアウトソーシングするのがおすすめです。
給与計算ソフトを使う
給与計算ソフトは、普段の給与計算だけでなく年末調整機能がついているものも多くあります。
集計作業や計算、書類作成まで一括で行えるので、手書きで行うよりも正確に能率的に完了することができます。
税理士にアウトソーシングする
年末調整では、常に法改正に対応しなければならない、計算ミスがないように注意しなければならないなどの負担がありますが、税務の専門家である税理士に代行を依頼すれば、それらの負担が大幅に軽減されます。また、計算ミスなどの心配もなく、法改正に対応した正しい年末調整を行ってくれるというメリットがあります。
料金相場は基本料金が1～3万円となっており、従業員数が一定数を超えると、1人あたり1000円～3000円が加算されていく従量制となっている場合が一般的です。
また、少人数の会社の場合は、顧問料の範囲で年末調整を行ってくれる場合もあるので、顧問税理士がいる場合や顧問契約を考えている場合は、相談をしてみるとよいでしょう。
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※ゼネラルリサーチ調べ