三葉蟲是一種細小的海洋無脊椎動物，與蝦、蟹是同類。它們出現在6億年前的地球上，而在2.6億年前滅絕了。按照進化論思維，那時根本沒有人類，而且本次人類文明人類穿上鞋子的歷史最多只有三、四千年。可是竟然有一隻鞋踩在三葉蟲上的化石被發現了。
「動物大爆炸」一詞又稱「生命大爆炸」、「寒武紀大爆炸」等。1909年華克(Walcott)在加拿大的伯基斯頁岩中，發現多種海洋動物的化石在寒武紀時代突然大量出現。到了九十年代初，中國科學院南京古生物研究所及專家陳均遠等將他們研究雲南省澄江縣化石的成果，用英文介紹到西方。「動物大爆炸」開始震動世界。美國《紐約時報》稱之為二十世紀最驚人的發現之一。澄江現有「化石聖地」之稱，已被聯合國教科文組織列為國際重點保護區。
《審判達爾文》一書由美國加州大學伯克利分校法學教授詹腓力著。詹腓力曾任美國大法官華倫的助手，他的專長是分析明辨律師在辯論時所用的詞藻和邏輯。當他讀到進化論的文獻時，馬上發現裏面充滿邏輯上有問題的雄辯與遁辭。所以他以法官的身份，多次質問：「我們怎樣才能知道‘進化論’是真實的？確鑿的證據何在？」
大量的不同地質時期、歷史年代的人類史前文明的證據不斷被發現。史前人類不但存在，而且考古學的證據還證明人類的史前文化是十分發達的，在史前建築、天文、地理、物理、冶金、醫學、藝術等方面均取得驚人的成就，有的甚至連現在的科技水平也達不到那種程度。這裏僅舉數例：
（大紀元記者丁誠編譯綜合報導)2009年5月19日，美國自然歷史博物館的科學家向外公佈了一個發現，「填補人類進化史空白的化石」被找到了。隨後全球各大媒體都大幅報導了這項消息。但是根據近日權威雜誌《科學》的報導，大多數知名專家都對這一理論提出質疑。
如果進化存在，必然存在進化過程中的物種過渡類型，否則進化論就是謬論。在邏輯上，過渡類型的化石也就成了進化論的證據之一；而事實上，這方面並沒有確鑿的證據可用。達爾文等人猜想，到了20世紀會找到明確的證據，這又是極不嚴肅的。直到現在，發掘出的可說是化石不計其數，但禁得起推敲和鑑定的證據還沒有一例。
進化論的發展過程十分有趣，不同於一般的科學理論模式。一般模式為：先提出「假說」，再經「證實」後得到「結論」。相反，在進化論的問題上，是先下結論：「進化論是對的」，而後才想辦法證實。這種違背了科學精神的做法，隨之而來的是兩個嚴重問題：一方面缺乏重要的中間環節證據；另一方面是相反證據層出不窮，進化論者該如何應對呢？
現代科學是屬於「實證科學」。實證科學的一個重要特點是：真理的確立必須經過典型環境下重複試驗的證實，如藉由懸掛著的小球碰撞可以證實位能和動能互換定律，很多科學知識就是這樣取得的。但是稍微留神一下就會發現，現代科學所涉及到的知識，並不是總能通過典型環境下重複試驗加以驗證。
在進化論發表之際，達爾文自己指出：「只有人類，怎麼都不可能用我的進化論來說明。」的確，從進化論的觀點來看，人腦的進化速度實在太快了；這樣的過程不像自然進化，反而比較像是人為造成的。
人類是怎樣產生的？當今所有的教科書都會告訴你：人類是從猿進化來的。多年來，在人類起源的問題上，進化論一直佔據著統治地位，許多人也對此深信不疑。
自從進化論被承認以來，很少人會再深入去思考進化論到底是怎麼回事，進化論似乎已經成了一種權威，甚至也滲透到其它領域，把持著所有的輿論觀點。然而我們所不知道的是：在科學的殿堂中，為了維護對進化論的信仰，有許多與相對論「對立的證據」被掩蓋了。如果某個研究成果對進化論不利，不管其事實和推理有多麼嚴謹，也會被視為異端，不被理會、不予發表、遭到人身攻擊甚至驅逐出科研領域。
人類基因庫解序包含一個重要的結論：在人類基因庫中有113個基因和細菌(原核細胞)高度近似，可能是細菌的同源基因，暗示了這113個基因在生物進化過程中，從細菌向脊椎動物水平轉移，符合所謂「生物進化」的方向。但有趣的是，介於細菌和脊椎動物之間的非脊椎動物的真核細胞系，其中包括軟體動物、果蠅、真菌、和植物等，根本就沒有這113個基因。這一發現完全推翻了物種進化中的基因水平轉移這一假說。
關於生命的起源之說，現行的主流理論一是持「神造萬物」態度的「創造論」，二是稱「生命由進化而來」的「進化論」。其實，除了這兩者以外，還有一種較不為人所熟悉的論點：「智慧設計論」。
近年來，不少的科學新發現對進化論的正確性提出了質疑。最近一項由美國北卡大學和加拿大的一些科學家對植物化石的研究發現也支持了這些看法。