2.化石中找不到大量的中間型
在生物學的實踐中，人們發現親子兩代之間不能有太大的變異，否則就是畸形，會被淘汰。達爾文因此推論，在進化的漫長過程中，必有大量中間過渡型存在，每型之間僅有微小差異，即進化是漸進模式。並推論出，以一個生物種而言，它從開始到終了消滅，應該是一個緩慢的「少──多──少」的過程。如果生命真是從無機物逐漸進化而產生的，然後由簡單到複雜，由低級到高級不斷進化的話，化石中一定可以找到這種進化的證據。可是化石的證據對進化論的觀點是非常不利的。達爾文本人也承認化石的證據是「最明顯的反對我的進化論的最大理由」。他也坦白的說對此「我不能提供滿意的答案」，「自然界好像故意隱藏證據，不讓我們發現過渡性的中間型」。
同時，與預計的漸變相反，化石的證據顯示出生物種往往表現為停滯不變、突然同時出現、又突然消亡，這是常規現象。以著名的寒武紀生命大爆發為例，距今5.3億年前的寒武紀時期，短短200萬年間，生命進化出現飛躍式發展，幾乎所有動物的「門」都在這一時期同時出現了。然而一經產生，這些「門」在其後的幾億年至今都十分穩定，拒絕「進化」。
在從猿到人的問題上，尋找過渡物種「類猿人」，早就列入了科學界的「十大懸案」。數次宣布的人類始祖，很快就被否定了。例如，曾經被進化論教科書列為人類祖先化石的「皮爾當人」（Piltdown Man）其實是一群考古學家刻意造假之作品，1953年，維納（J. S. Weiner）、奧克雷（K. P. Oakley）連同其他一些英國科學家共同發表聲明「皮爾當人」是個科學騙局：頭顱骨曾經被含鐵化學藥品塗抹過，使其看起來更古老；下頜骨是猿的，上顎骨是人類的，兩者是被拼湊起來，再經過修飾，使其看起來更像猿人。又如1892年發現的人和猿之間的過渡化石「嘉伯人」，是一塊猿的頭骨和相距40英尺的一根人的腿骨拼湊出來的，學術界否定了「嘉伯人」，科教方面卻還在宣傳。直到1984年「嘉伯人」才被新發現的猿人化石「露茜」代替。但後來的鑑定中，露茜也被大部分學者否定了，露茜是一種絕種的猿，和人無關。其實自1924年始，接連發現的一些南方古猿（露茜即是南方古猿阿法種的代表）、拉瑪古猿等等所謂「類猿人」之類化石，要麼化石極其不完整，比如只有一具頭蓋骨或幾根手指；或者像露茜這樣被許多學者認為與人沒有進化上的前後關係。迄今為止，並沒有足夠的證據表明人和猿之間的過渡物種的存在。
3.奇妙的人體精密構造和精良生理機制
眼睛就是一個好例子，我們很難想像視覺系統是自然演變而產生的。視覺如果可以由千萬年的變異和自然選擇去自發形成的話，就好比說，當一陣大風吹過一個垃圾堆時，垃圾可以自發的組合成一架飛機，而當你感覺到這個概率太小時，也許進化論者又會詭辯：因為時間太漫長了，垃圾堆的種群很大，你怎麼知道不會發生呢？！其實達爾文自己也承認了眼睛不可能由自然選擇形成，以至於他發表《物種起源》之後，一想到眼睛仍感到害怕。正是從他本人的內心表白中，我們可以清楚的看到達爾文進化論產生的過程：出於「主觀」上憑著無神的、要用純自然方法來闡明生命起源的信心和決心，基於少量的觀察，提出進化假說，然後選擇性的尋找那些支持其假說的證據，對不利的證據全然不顧。也就是說，達爾文的進化論主要是源於主觀信仰而非來自充分的科學依據。(待續)
－－摘編自明慧網