Som spelare representerade han Djurgårdens IF, IFK Göteborg och engelska Bradford FC. 2004–2020 var han verksam som tränare, och har tränat ett flertal svenska klubbar, samt Ålborg i Danmark. Mellan december 2013 och september 2016 var han förbundskapten för Estlands herrlandslag i fotboll.[1] I augusti 2020 utnämndes han till sportchef för Vélez CF (i Vélez-Málaga), som spelar i spanska fjärdedivisionen.
Pehrsson spelade under sin seniorkarriär mestadels i de allsvenska klubbarna IFK Göteborg och Djurgårdens IF. Efter säsongen 2001 försökte han komma tillbaka efter en skada, men bestämde sig i mars 2003 för att avsluta spelarkarriären.
Magnus Pehrsson har varit tränare i Åtvidabergs FF. 2006 tog han över IK Sirius och förde upp dem till Superettan.
Den 31 oktober 2007 blev det offentligt att Pehrsson skulle ta över GAIS efter Roland Nilsson. Inför säsongen 2009 lämnade Pehrsson GAIS för att bli tränare i AaB. Detta skedde efter att han värvat åtta spelare till GAIS inför säsongen 2009.
Den 16 november 2010 offentliggjordes det att Magnus Pehrsson inför säsongen 2012 skulle ta över som tränare i allsvenska Djurgårdens IF. Efter att Djurgården inlett Allsvenskan 2011 historiskt dåligt med endast 1 poäng efter en oavgjord match och fem raka förluster offentliggjorde klubben i början på maj att Magnus Pehrsson skulle gå in i den planerade manager-rollen i förtid; detta med omedelbar verkan.
Magnus Pehrsson meddelade den 26 april 2013 att han skulle avgå från sin post som tränare för Djurgården till följd av att han dels mottagit hot via telefon efter förlustmatchen mot Elfsborg några dagar tidigare.[2] Dessutom skulle Persson, enligt honom själv, ha hotats under ett samtal med djurgårdssupportrar på Djurgårdens träningsanläggning Kaknäs. Det påstådda hotet på träningsanläggningen polisanmäldes men förnekades av de supportrar som var närvarande[3]. Även den officiella supporterföreningen Järnkaminerna ställde sig skeptiska till sanningshalten i Pehrssons polisanmälan[4]. Den 6 maj samma år beslutade åklagaren att förundersökningen skulle läggas ned då samtalet rent juridisk inte uppfyllde villkoren för olaga hot.[5] Magnus Pehrsson avgick efter att ha värvat 22 spelare under sin tid i klubben.
Någon månad efter avhoppet som manager/tränare för Djurgårdens IF blev "MP" ett nytt ansikte på Viasat, där han jobbade som expert och kommentator vid fotbollssändningar. En av de första TV-sändningarna Pehrsson medverkade i var AIK:s träningsmatch mot Manchester United sommaren 2013, där han var en av de två kommentatorerna.
Efter tre år som tränare för Estlands fotbollslandslag skrev han på för Malmö FF som nyligen hade vunnit Allsvenskan med Allan Kuhn som tränare.[6] De första reaktionerna från supportrar var blandade.[7]
Säsongen 2017 vann Malmö FF under Perssons ledning Allsvenskan som gav klubben dess sammanlagt 20:e SM-guld. Persson fick dock lämna sin tränartjänst i maj året därpå efter att laget visat dåliga resultat i början av säsongen 2018.[8]
I november 2018 presenterades Pehrsson som ny huvudtränare i Kalmar FF.[9] Den 31 oktober 2019, efter en säsong med svaga resultat och med ett nedflyttningshot hängande över klubben, avgick Pehrsson med en omgång kvar av Allsvenskan.[10]
Uttagen i svenska fotbollslandslaget inför matchen Sverige–Sydafrika den 15 augusti 2001,[11] men tackade nej på grund av skada den 14 augusti 2001.[12]
Malmö, Sverige
Bradford City
AaB
Guld Allsvenskan
Velez CF
Estland
