Porecla sa, Kun, i-a fost dată de bunicii săi,[4][5] fiindcă frizura lui Sergio arăta la fel ca a personajului de desene animate japoneze: „Kum Kum” din desenul său animat preferat.[5]
Agüero si-a inceput cariera de fotbalist în Argentina, la 9 ani la echipa de tineret a lui Independiente, debutând la echipa mare în prima ligă la 5 iulie 2003, cu Club Atlético San Lorenzo de Almagro, la vârsta de 15 ani și 35 de zile, stabilind recordul de cel mai tânăr fotbalist din campionatul argentinian, depășind recordul stabilit de Diego Maradona în anul 1976..[6] Antrenorul Oscar Ruggeri l-a introdus în minutul 69 în locul lui Emanuel Rivas.[7]
Evoluțiile sale bune din Argentina au atras atentia mai multor cluburi mari din Europa. La 29 mai 2006 a fost confirmat transferul lui la Ateletico Madrid pentru suma de 20 de milioane de euro.[8] Pe 30 mai 2006, Atlético Madrid a confirmat faptul ca Sergio a semnat un contract pe 6 ani cu clubul, jucatorul argentinian doborand astfel un alt record, acela de cel mai scump transfer din istoria clubului madrilen de până atunci.
La Atletico a fost un marcator prolific, formand un cuplu de atac cu atacantul uruguayan Diego Forlán.[9] La 2 ianuarie 2009, Aguero a declarat ca vrea sa-si petreaca restul carierei sale la Atlético Madrid, dar în 2011 se transferă la Manchester City, echipă la care a rămas un atacant prolific.
Sergio a fost diagnosticat recent cu aritmie cardiaca, ceea ce l-a determinat sa renunțe la fotbal.