Badr Benoun maakte zijn naam internationaal bekend in 2015 tijdens het Touloun Tournament u23 toernooi dat werd gehouden in Frankrijk. Tijdens dat toernooi bereikte Marokko de finale, maar verloor van Frankrijk met 3-1.
Op 2 oktober 2017 wordt hij door de Hervé Renard, de bondscoach van Marokko, opgeroepen voor het nationale elftal om de geblesseerde Jawad El Yamiq te vervangen voor de WK kwalificatie tegen Gabon. In deze wedstrijd maakte hij zijn debuut in de 81ste minuut, door in te vallen voor de geblesseerde aanvoerder Medhi Benatia.
Een aantal dagen later speelde het Marokkaans voetbalelftal een vriendschappelijke wedstrijd tegen het Zuid-Koreaans voetbalelftal. In deze wedstrijd maakte Benoun zijn basisdebuut voor de nationale ploeg.