Sąjunga įkurta 1931 m. kovo 8 d. Iki 2006 m. birželio 28 d. Juodkalnijos futbolo sąjunga buvo Jugoslavijos futbolo sąjungos, Serbijos futbolo asociacijos ir Serbijos ir Juodkalnijos futbolo asociacijos dalis. 2006 m. birželio 30 d. pareiškė norą tapti UEFA ir FIFA nare. 2007 m. sausio 26 d. prisijungė prie UEFA ir 2007 m. gegužės 31 d. tapo FIFA nare, bet atrankoje į 2008 m. Europos čempionatą nedalyvavo.