Passato al professionismo nel 1996, Hrbatý ha vinto in carriera sei titoli di singolare. Il suo miglior piazzamento nel ranking mondiale del singolare maschile è la dodicesima posizione, raggiunta nel 2004. Il gioco di Hrbatý è basato su un vigoroso palleggio da fondocampo, con fulminee accelerazioni, ed un'ottima prima di servizio caratterizzata da un lancio di palla altissimo, che gli ha creato diversi problemi in condizioni di gioco ventose. Destrorso, ha nel rovescio bimane il suo colpo migliore.
La prima partita che lo mise in luce fu agli Australian Open del 1997: negli ottavi di finale fu sconfitto dopo un match di cinque set da Pete Sampras, che poi avrebbe vinto il torneo. Nel suo palmarès si contano anche la semifinale al Roland Garros del 1999 (perse da Andre Agassi), i quarti di finale agli US Open 2000 (sconfitto da Tim Henman) e due quarti agli Australian Open (2001 e 2005). Ha inoltre raggiunto 2 finali nei tornei Masters Series, a Montecarlo nel 2000 ed a Parigi Bercy nel 2006. Il suo rendimento ha avuto un vistoso calo a partire dal 2007 a causa di un infortunio al gomito che lo ha costretto ad un'attività limitata.
Hrbatý è rinomato per essere uno dei giocatori fisicamente più preparati del circuito, come testimonia il suo record nei match al 5º set. Ama la mountain bike, la pesca e lo sci, e si è autodefinito fanatico di cinema. I suoi idoli di gioventù erano Ivan Lendl, Sergej Bubka, Carl Lewis ed Alberto Tomba.