Tizenkét évesen (!), 1974-ben tette le a játékvezetői vizsgát, 15 évesen kezdhetett mérkőzéseket vezetni. 1984-ben a Német labdarúgó-szövetség (DFB) által üzemeltetett 2. Bundesliga bírói közé került. 1988-ban a Bundesliga valaha kinevezett legfiatalabb játékvezetője lett. Az aktív nemzeti játékvezetéstől 2008-ban, Oliver Kahn búcsúmérkőzésének, az FC Bayern München – Német labdarúgó-válogatott (1–1) irányítását követően vonult vissza. Első ligás mérkőzéseinek száma: 268, amivel német csúcstartó.
A Német labdarúgó-szövetség Játékvezető Bizottsága (JB) terjesztette fel nemzetközi játékvezetőnek, a Nemzetközi Labdarúgó-szövetség (FIFA) 1992-től tartotta nyilván bírói keretében. Több nemzetek közötti válogatott és klubmérkőzést vezetett. FIFA JB besorolás szerint első kategóriás bíró. 1997-ben hazájában csak a harmadik számú nemzetközi játékvezető volt. A német nemzetközi játékvezetők rangsorában, a világbajnokság-Európa-bajnokság sorrendjében többedmagával az 1. helyet foglalja el 37 találkozó szolgálatával. Európai-kupamérkőzések irányítójaként az örök ranglistán a 2. helyet foglalja el 75 találkozó vezetésével. Az aktív nemzetközi játékvezetéstől 2008-ban búcsúzott. Válogatott mérkőzéseinek száma: 49.
Markus Merk: Untersuchungen zur Formänderung kalt- und heißpolymerisierender Prothesenkunststoffe nach Behandlung im Ultraschallbad ("Examinations on the form change of cold- and hot-polymerising prothesis plastics after ultrasound treatment"), Dissertation by Markus Merk, University of Cologne, 1990.
A vallásos Merk Indiában aktív fogápolási segítséget nyújtott a nyomornegyedekben lakó szegények részére. Rengeteg segítséget adott a Németországban (Kaiserslauternben) bevándorolt indiaiak részére a tanulás, a hajléktalanok elhelyezése és egészségügyi problémáik megoldásában.
Háromszor lett az IFFHS legjobb játékvezetője: 2004, 2005, 2007 évben. Ő a harmadik nemzetközi játékvezető (Puhl Sándor, Pierluigi Collina után), akit legalább háromszor választottak az év legjobbjának.
Pályafutása során a világ egyik legjobb játékvezetőjének nőtte ki magát. Az IFFHS (International Federation of Football History & Statistics) 1987-2011 évadokról tartott nemzetközi szavazásán 151 játékvezető besorolásával minden idők 2 legjobb bírójának rangsorolta.
Feleségével és fiával Otterbachben él, ahol fogorvosi eszközök kereskedelemével foglalkoznak, előtte Merk 2005-ig fogszakorvos volt. Ma motivációs szemináriumokat vezet, ui. „Fiatalkorában éles, nyikorgó hangja miatt rengeteg gúnyt szenvedett el”. Miután kiterjedt beszédterápián ment keresztül, mára normális baritonhangon beszél. (Referencia: a könyve BeWEGEnd).
