Kausi 2016–2017 oli jääkiekon Mestiksen 17. kausi. Edelliskauden mestari Jukurit siirtyi SM-liigaan, joten kyseessä oli ensimmäinen kerta kauden 2005–2006 jälkeen, kun hallitseva mestari ei pelaa Mestiksessä.
Suomi-sarjasta nousi mestaruuden voittanut IPK. Lisäksi konkurssiin päätyneen liigajoukkueen Espoo Bluesin tilalle perustettu Espoo United sai paikan Mestikseen, joten kausi pelattiin poikkeuksellisesti 13 joukkueella.
Runkosarjassa pelattiin 13 joukkueen nelinkertainen sarja. Lisäksi pelattiin viidessä otteluparissa revanssiviikonloppu ja yksi kolmen joukkueen yksinkertainen välisarja. Kokonaisottelumääräksi tuli 50 ottelua.[1]
Mestiksen puolivälieriin pääsi 8 joukkuetta. Puolivälierät pelattiin otteluparein 1.-8., 2.-7., 3.-6. ja 4.-5.. Ottelut aloitettiin runkosarjassa paremmin sijoittuneen kotikentällä ja jatkoon pääsyyn tarvittiin neljä voittoa (pelattiin paras seitsemästä -järjestelmällä). Voittajat jatkoivat välieriin. Välierät aloitettiin runkosarjassa paremmin sijoittuneen kotikentällä. Jatkoon päässeistä runkosarjassa parhaiten sijoittunut kohtasi runkosarjassa heikoimmin sijoittuneen ja toiseksi paras kohtasi toiseksi heikoimman.
Neljä voittoa (pelattiin paras seitsemästä -järjestelmällä) välierissä saavuttaneet joukkueet selvisivät loppuotteluihin. Välierien hävinneet joukkueet pelasivat runkosarjassa paremmin sijoittuneen kotikentällä yhden ottelun, jonka voittaja voitti pronssia. Mestiksen loppuottelut aloitettiin runkosarjassa paremmin sijoittuneen kotikentällä. Mestiksen mestaruuteen vaadittiin neljä voittoa (pelattiin paras seitsemästä -järjestelmällä).[1]
Sijoille 11.-13. sijoittuneet pelasivat Suomi-sarjan kahta parasta joukkuetta vastaan viiden joukkueen kaksinkertaisen sarjan, jonka kaksi parasta pelaavat Mestiksessä kaudella 2017–2018.[1]