Football Association Challenge Cup 1879-80 var den niende udgave af Football Association Challenge Cup, nutildags bedre kendt som FA Cup. 54 klubber var tilmeldt turneringen, der blev afviklet som en cupturnering. Fem af klubberne trak sig imidlertid inden deres første kamp, så turneringen fik reelt deltagelse af 49 klubber, hvilket var ny deltagerrekord. Den første kamp blev spillet den 25. oktober 1879, og finalen blev afviklet den 10. april 1880 på Kennington Oval i London, hvor Clapham Rovers FC vandt 1-0 over Oxford University AFC. Det var Clapham Rovers' første FA Cup-triumf, og det skulle også blive klubbens eneste. Holdet havde én gang tidligere været i finalen og tabt: i 1879. Det var fjerde gang, at Oxford University AFC spillede sig frem til FA Cup-finalen – og tredje gang at holdet tabte.
Første runde blev spillet i perioden 25. oktober – 25. november 1879 og havde deltagelse af 52 hold, der spillede om 26 pladser i anden runde. Aston Villa FC og Providence FC var oversiddere i denne runde.
Anden runde blev spillet i perioden 29. november 1879 – 24. januar 1880 og havde deltagelse af de 26 af de hold, der var gået videre fra første runde, som spillede om 13 pladser i tredje runde. To hold, Old Etonians FC og Old Harrovian AFC, var oversiddere i denne runde og gik derfor uden kamp videre til tredje runde.
Tredje runde blev spillet i perioden 17. januar – 4. februar 1880 og havde deltagelse af ti af de hold, der var gået videre fra tredje runde, og som spillede om fem ledige pladser i fjerde runde. Fem hold var oversiddere i denne runde, Grey Friars FC, Hendon FC, Maidenhead FC, Sheffield FC og West End FC, og de gik dermed videre til fjerde runde uden kamp.
Fjerde runde blev spillet i perioden 7. – 19. februar 1880 og havde deltagelse af ti af de hold, der var gået videre fra tredje runde, og som spillede om fem ledige pladser i kvartfinalerne.
Kvartfinalerne havde deltagelse af fire af de fem hold, der gik videre fra tredje runde, som spillede om to pladser i semifinalerne. Det sidste hold, Nottingham Forest FC var oversidder i denne runde og gik derfor uden kamp videre til semifinalerne.
Semifinalen havde deltagelse af to af de tre hold, der gik videre fra kvartfinalerne. På grund af det ulige antal hold var Clapham Rovers FC oversidder i denne runde og gik derfor videre til finalen uden kamp.