Ccdc109b

Ccdc109b
Identifikatori
Aliasi	MCUB
Vanjski ID-jevi	MGI: 1914065 HomoloGene: 23056 GeneCards: MCUB
Lokacija gena (čovjek)
Hrom.	Hromosom 4 (čovjek)
Kraj	109,688,719 bp
Lokacija gena (miš)
Hrom.	Hromosom 3 (miš)
Kraj	129,763,855 bp
Ontologija gena
Molekularna funkcija	• uniporter activity; • ion channel activity; • calcium channel inhibitor activity; • calcium channel activity;
Ćelijska komponenta	• membrana; • integral component of membrane; • intrinsic component of membrane; • Kalcijski kanal; • mitohondrija; • integral component of mitochondrial inner membrane; • uniplex complex; • mitochondrial inner membrane;
Biološki proces	• mitochondrial calcium ion homeostasis; • ion transport; • calcium import into the mitochondrion; • calcium ion transport; • mitochondrial calcium ion transmembrane transport;
	Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
	55013
	66815
	ENSG00000005059
	ENSMUSG00000027994
	Q9NWR8
	Q810S1
	NM_017918
	NM_001293644; NM_025779
	NP_060388
	NP_001280573; NP_080055
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek	Pogledaj/uredi – miš

Protein sa upredenom zavojnicom 109B (CCDC109B) je protein koji je kod ljudi kodiran genom CCDC109B sa hromosoma 4. To je potencijalni uniporter kalcija koji se nalazi u membrani ljudskih ćelija. Iako je CCDC109B transmembranski protein, nije jasno da li se nalazi unutar ćelijske ili mitohondrijske membrane.

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 336 aminokiselina, a molekulska težina 39.082 Da.^[5]

C: Cistein

D: Asparaginska kiselina

E: Glutaminska kiselina

F: Fenilalanin

G: Glicin

H: Histidin

I: Izoleucin

K: Lizin

L: Leucin

M: Metionin

N: Asparagin

P: Prolin

Q: Glutamin

R: Arginin

S: Serin

T: Treonin

V: Valin

W: Triptofan

Y: Tirozin

10	20	30	40	50
MLQRGLWPWR	TRLLPTPGTW	RPARPWPLPP	PPQVLRVKLC	GNVKYYQSHH
YSTVVPPDEI	TVIYRHGLPL	VTLTLPSRKE	RCQFVVKPML	STVGSFLQDL
QNEDKGIKTA	AIFTADGNMI	SASTLMDILL	MNDFKLVINK	IAYDVQCPKR
EKPSNEHTAE	MEHMKSLVHR	LFTILHLEES	QKKREHHLLE	KIDHLKEQLQ
PLEQVKAGIE	AHSEAKTSGL	LWAGLALLSI	QGGALAWLTW	WVYSWDIMEP
VTYFITFANS	MVFFAYFIVT	RQDYTYSAVK	SRQFLQFFHK	KSKQQHFDVQ
QYNKLKEDLA	KAKESLKQAR	HSLCLQMQVE	ELNEKN

Gen

CCDC109B nalazi se poziciji na 4q25 i dug je 128.520 bp. CCDC109B sadrži osam egzona, nalazi na pozitivnom lancu hromosoma 4. Zbog alternativne prerade, CCDC109B ima devet varijanti transkripta.^[6] Neprerađena verzija ovog gena je najduža i najčešća varijanta pronađena u ljudskim ćelijama i duga je 1298 parova baza.

Protein

Kada se prevede, CCDC109B protein sastoji se od 336 aminokiselina i ima molekulsku težinu od 39,1 kDa. 3' kraj ovog proteina je visoko konzerviran i sadrži domene ključne za funkciju proteina.

Proteinski domeni

Domen nepoznate funkcije 607 (DUF607): Funkcija ovog domena je uglavnom nepoznata, iako može poslužiti kao transporter kalcija, kada CCDC109B formira homo-oligimere. DUF607 je konzerviran u ortolozima i nalazi se bliže 3' kraju ovog proteina, iako je DUF607 prisutan na većini dužine proteina..^[7]

Transmembranska regija: CCDC109B sadrži dvije ovakve regije unutar DUF607, što ga čini višeprolaznim membranskim proteinom. Pošto postoje dva transmembranska regiona, i N– i C-terminal nalaze se na jednoj strani membrane, na citosolnoj strani ćelijske membrane.^[7]

Motiv DIME ima pretpostavljenu ulogu u transportu kalcija i najvjerovatnije je bitan u DUF607.^[8]

Posttranslacijske modifikacije

Mjesta fosforilacije

Protein CCDC109B sadrži nekoliko vjerovatnih mjesta fosforilacije na ostacima serina, treonina i tirozina.^[9]

Mesta fosforilacije serina: pozicije aminokiselina 77, 213, 315 i 322.
Mjesto fosforilacije treonina: pozicija aminokiselina 53.
Mjesto fosforilacije tirozina: pozicija aminokiselina 274.

Mjesta sumoilacije

Postoji jedno vjerovatno mjesto sumoilacije unutar CCDC109B, na aminokiselinskom ostatku 306, a to je lizin.^[10] This residue is highly conserved among orthologs.

Tercijarna struktura

Iako je poznato da je CCDC109B transmembranski protein, pravilno savijanje njegovog N-terminala i C-kraja nije jasno.

Homologija

CCDC109B pokazuje konzerviranost kod kičmenjaka, uključujući sisare, ptice, gmizavce i vodozemce. Postoji određena konzervacija u ranijim organizmima kao što su muhe, gliste i biljke, ali postotak identiteta je vrlo nizak i ovi organizmi imaju mnogo ortolognih struktura koje možda nisu CCDC109B. Ortolozi pronađeni u organizmima koji nisu kičmenjaci mogu zapravo biti paralozi CCDC109B koji još uvijek proizvodi određeni identitet CCDC109B.

Tabela ispod prikazuje konzerviranost CCDC109B među odabranim kičmenjacima.

Filogenetsko stablo ortologa CCDC109B. Dužina između organizama zavisi od toga koliko su blisko povezani. Kraća dužina korelira s većom konzerviranošću.

Rod i vrsta	Uobičajeno ime	Divergencija od ljudi (milioni godina) ^[11]	NCBI Protein Accession	Sequence Similarity ^[7]	Protein Length
Homo sapiens	Čovjek	--	NP_060388.2	100%	336
Pongo abelii	Orangutan	15,7	XP_002815099	96%	336
Ailuropoda melanoleuca	Panda	94.2	XP_002929388.1	86%	469
Felis catus	Domaća mačka	94,2	XP_003985143.1	86%	333
Oryctolagus cuniculus	Kunić	92,3	XP_002717237.1	83%	325
Canis lupus familiaris	Domaći pas	94.2	XP_535692.2	82%	337
Bos taurus	Govedo	94,1	NP_001068639.1	81%	335
Cricetulus griseus	Hrčak	92,3	XP_003512344.1	79%	348
Mus musculus	Miš	92,3	NP_080055.2	74%	345
Loxodonta africana	Slon	98,7	XP_003410529.1	74%	428
Gallus gallus	Kokoš	296	XP_420651.3	63%	345
Anolis carolinensis	Gušter	296	XP_003221841.1	59%	319
Sarcophilus harrisii	Tasmanijski đavo	162.6	XP_003772954.1	59%	342
Xenopus laevis	Frog	371,2	NP_001087837.1	55%	319

Paralog CCDC109B

CCDC109B ima jedan paralog u čovjekovom genomu. Ovaj paralog je CCDC109A, poznatiji je kao Mitohondrijski kalcijev uniporter (MCU).^[8] MCU se nalazi u unutrašnjoj membrani mitohondrija, kao oligomer koji transportuje ione kalcija u mitohondrije. MCU je bitna komponenta mitohondrijske membrane, a utišavanje MCU-a ukida unos kalcija. DIME motiv, koji je također konzerviran u CCDC109B, odgovoran je za unos kalcija i mutacija u ovoj regiji, inhibira ovu funkciju.^[8] CCDC109B i MCU dijele 43% identiteta u kojem je DIME motiv u potpunosti konzerviran.

Profil ekspresije

Obrazac ekspresije CCDC109B. CCDC109B se eksprimira na visokom nivou u imunskom sistemu, kao i kod različitih poremećaja krvi.

CCDC109B se eksprimira u visokim nivoima u imunskom cirkulatornom sistemu.^[12] CCDC109B se eksprimira u B–, dendritskim i T-ćelijama, te prirodnim ćelijama ubicama. Ekspresija CCDC109B nije prisutna u ljudskom masnom tkivu, nadbubrežnim žlijezdama, mokraćnoj bešici, koštanoj srži, uhu, jednjaku, larinksu, paratireoidnoj žlijezdi, hipofizi, slezeni, štitnoj žlijezdi, traheji ili tkivima pupčane vrpce^[13]

Klinički zn ačaj

CCDC109B može doprinijeti brojnim bolestima, uključujući različite limfome i leukemije.^[14] Promjene u ekspresiji CCDC109B također su prisutne kod drugih bolesti kao što su glioblastomi, Daudi Burkittov limfom, Duchenneova mišićna distrofija, karcinomi dojke i promijelocitna leukemija HL-60. CCDC109B također može doprinijeti atopijskom dermatitisu lezijama kože i Jobovom sindromu.^[15] Međutim, mehanizmi koji stoje iza uloge CCDC109B u ovim bolestima su nejasni i nisu dobro okarakterisani kroz istraživanja.

Interakcija protein-protein

Faktori transkripcije

CCDC109B ima promotorsko područje koje sadrži mjesta za vezivanje transkripcijskog faktora. Ova regija promotora duga je približno 500 nukleotida i nalazi se neposredno prije početka translacije. Značajni faktori transkripcije koji vezuju CCDC109B uključuju:^[16]

Faktori domena glave viljuške (FKHD)
Faktori mijeloidnog cinkovog prsta 1 (MZF1)
Gen pleomorfnog adenoma (PLAG)
C2H2 faktori transkripcije cinkovog prsta 2 (ZF02)
Porodica transkripcionih faktora SMAD kičmenjaka (SMAD)
Potporodica klase B bHLH uvijenih faktora transkripcije (RUKA)
CCAAT/ Pojačivač vezujućih proteina (CEBP)
Jedarni faktor aktiviranih T-ćelija (NFAT)

Ćelijski proteini

CCDC109B stupa u interakciju sa ZBTB16, koji je transkripcijski faktor cinkovog prsta i ima vjerovatnu ulogu u razgradnji proteina. Interakcija CCDC109B sa ZBTB16 određena je skrningom dvohibridnog kvasca^[17] Još uvijek nije jasno kako CCDC109B stupa u interakciju sa ZBTB16.

Drugi proteini sa kojima CCDC109B stupa u interakciju još su nepoznati.

Reference

^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000005059 - Ensembl, maj 2017
^ ^a ^b ^c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000027994 - Ensembl, maj 2017
^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "UniProt, Q9NWR8" (jezik: engleski). Pristupljeno 22. 10. 2021.
^ "NCBI AceView CCDC109B". Pristupljeno 10. 10. 2016.
^ ^a ^b ^c "NCBI BLAST".
^ ^a ^b ^c Baughman JM, Perocchi F, Girgis HS, Plovanich M, Belcher-Timme CA, Sancak Y, Bao XR, Strittmatter L, Goldberger O, Koteliansky V, Mootha VK (2011). "Integrative genomics identifies MCU as an essential component of the mitochondrial calcium uniporter". Nature. 476 (7360): 341–345. doi:10.1038/nature10234. PMC 3486726. PMID 21685886.
^ "NetPhos".
^ "SUMOPlot Analysis Program".
^ "Time Tree".
^ "GEOProfile CCDC109B".
^ "NCBI EST".
^ "Genevestigator". Arhivirano s originala, 11. 7. 2011.
^ Rebane A, Zimmermann M, Aab A, Baurecht H, Koreck A, Karelson M, et al. (maj 2012). "Mechanisms of IFN-γ-induced apoptosis of human skin keratinocytes in patients with atopic dermatitis". J Allergy Clin Immunol. 129 (5): 1297–1306. doi:10.1016/j.jaci.2012.02.020. PMID 22445417.
^ "Genomatix ElDorado". Arhivirano s originala, 2. 12. 2021. Pristupljeno 22. 10. 2021.
^ "GeneCards ZBTB16".

Vanjski linkovi

Commons logo

Commons ima datoteke na temu: Ccdc109b

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000005059 - Ensembl, maj 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000027994 - Ensembl, maj 2017

[3] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[4] "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[UniProt-5] "UniProt, Q9NWR8" (jezik: engleski). Pristupljeno 22. 10. 2021.

[NCBI_AceView-6] "NCBI AceView CCDC109B". Pristupljeno 10. 10. 2016.

[BLAST-7] "NCBI BLAST".

[pmid21685886-8] Baughman JM, Perocchi F, Girgis HS, Plovanich M, Belcher-Timme CA, Sancak Y, Bao XR, Strittmatter L, Goldberger O, Koteliansky V, Mootha VK (2011). "Integrative genomics identifies MCU as an essential component of the mitochondrial calcium uniporter". Nature. 476 (7360): 341–345. doi:10.1038/nature10234. PMC 3486726. PMID 21685886.

[NetPhos-9] "NetPhos".

[SUMOPlot_Analysis_Program-10] "SUMOPlot Analysis Program".

[Time_Tree-11] "Time Tree".

[GEOProfile_CCDC109B-12] "GEOProfile CCDC109B".

[NCBI_EST-13] "NCBI EST".

[Genevestigator-14] "Genevestigator". Arhivirano s originala, 11. 7. 2011.

[15] Rebane A, Zimmermann M, Aab A, Baurecht H, Koreck A, Karelson M, et al. (maj 2012). "Mechanisms of IFN-γ-induced apoptosis of human skin keratinocytes in patients with atopic dermatitis". J Allergy Clin Immunol. 129 (5): 1297–1306. doi:10.1016/j.jaci.2012.02.020. PMID 22445417.

[Genomatix-16] "Genomatix ElDorado". Arhivirano s originala, 2. 12. 2021. Pristupljeno 22. 10. 2021.

[GeneCards_ZBTB16-17] "GeneCards ZBTB16".

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]