Idi na sadržaj

PROSER2

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
PROSER2
Identifikatori
AliasiPROSER2
Vanjski ID-jeviMGI: 2442238 HomoloGene: 51648 GeneCards: PROSER2
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 10 (čovjek)
Hrom.Hromosom 10 (čovjek)[1]
Hromosom 10 (čovjek)
Genomska lokacija za PROSER2
Genomska lokacija za PROSER2
Bend10p14Početak11,823,339 bp[1]
Kraj11,872,277 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 2 (miš)
Hrom.Hromosom 2 (miš)[2]
Hromosom 2 (miš)
Genomska lokacija za PROSER2
Genomska lokacija za PROSER2
Bend2|2 A1Početak6,102,418 bp[2]
Kraj6,135,022 bp[2]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

254427

227545

Ensembl

ENSG00000148426

ENSMUSG00000045319

UniProt

Q86WR7

Q8C5R2

RefSeq (mRNK)

NM_153256

NM_001159657
NM_144883

RefSeq (bjelančevina)

NP_694988

NP_001153129
NP_659132

Lokacija (UCSC)Chr 10: 11.82 – 11.87 MbChr 2: 6.1 – 6.14 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

PROSER2, znan i kao prolinom i serinom bogti protein 2, jest protein koji je kod ljudi kodiran genom PROSER2. PROSER2 ili otvoreni okvir čitanja 47 hrobosoma 10, nalazi se na pojasu 14 kratkog kraka hromosoma (10p14) i sadrži visoko konzervirani domen SARG.[5] To je brzorazvijajući It gen sa dva paraloga, c1orf116 i specifična androgen-regulirni proteinska izoforma 1.[5][6][7] Protein PROSER2 ima još neokarakteriziranu funkciju, ali, kod ljudi, on može imati ulogu u regulaciji ćelijskog ciklusa, reproduktivnom funkcioniranju i potencijalni je biomarker kancera.[8][9][10][11][12][13]

Aminokiselinska sekvenca

[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 435 aminokiselina, а molekulska težina 45.802 Da.[14]

1020304050
MPVTHRKSDASDMNSDTSPSCRLRAFSRGGSLESRSSSSRSRSFTLDDES
LKYLTHEEKDVLLFFEETIDSLDEDFEEPVLCDGGVCCLCSPSLEESTSS
PSEPEDVIDLVQPAPGAGEAEGLPEGTQAAGPAPAGKEHRKQDAETPPPP
DPPAPETLLAPPPLPSTPDPPRRELRAPSPPVEHPRLLRSVPTPLVMAQK
ISERMAGNEALSPTSPFREGRPGEWRTPAARGPRSGDPGPGPSHPAQPKA
PRFPSNIIVTNGAAREPRRTLSRAAVSVQERRAQVLATIHGHAGAFPAAG
DAGEGAPGGGSSPERVARGRGLPGPAESLRAGGQAPRGPALANGFPSAHE
ALKSAPSSFAPAGKSLCFRPGPALPSTRARQSFPGPRQPNGAQDWRRADS
LPRPQGITVQFAGRGSSEEARREALRKLGLLRESS

Gen

[uredi | uredi izvor]

Ovaj gen je dug 48.880 baza sa 3.360 parova baza nakon transkripcije do iRNK.[15][16] PROSER2 ima pet varijanti prerade, od kojih su tri alternativno prerađene, a dvije su neprerađene forme.[17] Sadrži uzvodno uokvirenistop kodon i 2.000 bp dugipromotor.[18]

Lokus

[uredi | uredi izvor]

Kod čovjena, PROSER2 nalazi se na desetom hromosomu (sekvencas 10p14). Orijentiran je na plus lanac DNK i ima pet egzona.[16][19]

Transkript PROSER2

[uredi | uredi izvor]
Prerađena varijanta Ime Dužina sekvence (bp) Dužina proteina (aa) Masa (Da) Tip Obrazac
1 – Primarni transkript PROSER2; c10orf47 3360 435 45,802 Protein kodirajući

(puna dužina)

5 egzona; 4 kodirajuća egztona Predviđeno: 1 dimetilirani arginin; 1 omega-N-metilarginin

37 mjesta fosforilacije;[20] 2 SUMO I motiva;[21] 2 mjesta S-palmitoilacije;[22] 2 mjests GalNac O-glikozilacije[23]

Izoelektrična tačka: 6,81

Električni naboj: 3,0

2 1.646 341 Protein kodirajući 5 egzona; 4 kodirajuća egzona
3 c10orf47 izoforma CRA_b 1.232 239 24.793 Protein kodirajući 1 egzon; 1 kodirajući egzon

Izoelektrična tačka: 12.21

Električni naboj: 19,0

4 476 85 9.554 Protein kodirajući 3 egzona; 2 kodirajuća egzona

3' skraćen u transkriptu; 85. aa je neterminalni ostatak; 85. aa je neterminalni ostatak

Izoelektrična tačka: 4,25

Električni naboj: –8,0

5 728 Neproteinski Prerađeni transkript 4 egzon; 0 kodiraućih egzona

Homologija i evolucija

[uredi | uredi izvor]
Datoteka:PROSER2 evol2.png
Evolucijska historija PROSER2 u odnosu na citohrom C i fibrinogensku podjedinicu alfa. Svaka tačka podataka na grafikonu predstavlja homolog ljudskog gena nađenog u drugoj vrsti koji je pronađen pomoću BLAST pretraživanja. Ovo pretraživanje rezultiralo je postotkom identiteta koji su graftirani prema procijenjenom vremenu odstupanja od ljudi koje je pronađeno pomoću TimeTree-a. Ovaj grafikon pokazuje da je "PROSER2" gen koji brzo evoluiraa, slično fibrinogenskoj podjedinici alfa.[24][25]

Ortolozi

[uredi | uredi izvor]

Ortologni prostor za PROSER2 je prilično velik, jer je prijavljeno da 143 organizma imaju ortologe sa ljudskim PROSER2. Najdalji ortolog od ljudskog PROSER2 je morski pas slon, Callorhinchus milii. Najdalji srodnici ljudi sa PROSER2 su ribe, uključujući morske pse (hrskavičave ribe). Po tome može se zaključiti da je PROSER2 nastalo kod kičmenjaka.

Paralozi

[uredi | uredi izvor]

Ljudski gen PROSER2 ima dva paraloga: otvoreni okvir čitanja c1orf116 i specifičnu izoformu genskog proteina reguliranu androgenima 1.

Konzervirane regije

[uredi | uredi izvor]

Više poravnavanja sekvenci pokazalo je da je 3’ kraj dva proteina bogatog prolin-serinom 2 visoko konzerviran u udaljenim i bliskim homolozima. Ove široko konzervirane aminokiseline koje se nalaze u svih primata, sisara, gmizavaca, ptica, vodozemaca, riba i morskih pasa za koje su dostupne sekvence uključuju: R421, G406, V409, A424, L425, L428, G429 i L430. Može se primijetiti da ove visoko konzrvirane aminokiseline obuhvataju veći dio 3’ kraja domena specifično reguliranog androgena genskog proteina (SARG). Kraj 5' proteina bogatog 2 prolin-serinom 2 visoko je konzerviran kod bliskih srodnika ljudi, uključujući sve primate, sisare, gmizavce i ptice za koje su dostupne sekvence. PROSER2 ima ravnomjernu ravnotežu baznih i kiselih ostataka koji su konzervirani u svim homolozima.[26][27]

Evolucijski obrazac

[uredi | uredi izvor]

PROSER2 je brzoevoluirajući gen, sličan fibrinogenskoj podjedinici alfa (FGA). Skoro savršeno se usklađuje sa fibrinogenovom evolucionom historijom i mnogo je udaljeniji od evolucijskog vremenskog slijeda ctohroma C (CYCS) koji evoluira sporije od PROSER2 ili FGA . Duplikacije gena PROSER2 dogodile su se otprilike kod riba koje su divergirale od ljudi prije oko 436,8 miliona godina.

Prolinomu serinom bogati protein 2

[uredi | uredi izvor]

U Homo sapiens, PROSER2 kodira protein 2, bogat prolinom i serinom, koji je dugačak 435 aminokiselina i ima molekulsku težinu od 45.802 Da. Ovaj protein ima prilično neutralnu baznu izoelektričnu tačku od 6,81.[28] Protein 2 bogat prolinom i serinom sadrži konzervirani domen SARG (specifično genski protein reguliran androgenima) koji obuhvata 388 aminokiselina unutar PROSER2. SARG domen pripada porodici gena pfam15385. Njegova prava funkcija tek treba biti razjašnjena, ali se sumnja na androgene receptore, jer je reguliran prema gore u prisutnosti androgena, ali ne i glukokortikoida.[29] SARG domen je visoko eksprimiran u prostati, gde je također prijavljen PROSER2.[8]

Datoteka:PROSER2 protein internal structure.png
Unutrašnja struktura i obrasci ljudskog proteina PROSER2.[29][30][31]

Unutrašnja struktura proteina

[uredi | uredi izvor]
Obrasci Lokacija
Ser-bogata regija aa 8–43
Regija niske kompleksnosti aa 27–43
Regija niske kompleksnosti aa 87–105
Regija niske kompleksnosti aa 113–126
Regija niske kompleksnosti aa 143–171
Pro-bogata regija aa 147–254
Regija niske kompleksnosti aa 228–246
Regija niske kompleksnosti aa 291–310
SARG Domen

(Specifični androgen-regulirani gen protein)

aa 44–433

Postranslacijske modifikacije

[uredi | uredi izvor]

PROSER2 sadrži 35 predviđenih mjesta fosforilacije serina, kao i dva predviđena mjesta fosforilacije treoninana konzerviranim ostacima.[20] Predviđa se i da sadrži i dva motiva interakcije SUMO-a, dva mjesta S-palmitoilacije, kao i dva mjesta GalNac O-glikozilacije, koja se nalaze na ili blizu visoko konzerviranih aminokiselina.[21][22][23] Ove modifikacije mogu promijeniti proteina|savijanje]] i funkciju proteina za koji se predviđa da će biti lokaliziran u jedru.[32]

Predviđena sekundarna struktura

[uredi | uredi izvor]

Struktura PROSER2 još je neokarakterizirana. Međutim, vjerojatno će sadržavati četiri alfa-heliksa i pet domena beta-listova koji su konzervirani u svim homolozima sisara.[33] Na temelju strukturnih karakteristika i posttranslacijskih modifikacija, predviđa se da je to topljivi protein koji se izlučuje iz jedra neklasičnim putem sekrecije.[32][34][35]

Funkcija

[uredi | uredi izvor]

Funkcija proteina bogatog prolinom i serinom 2 još je nepoznata. Međutim, u nekoliko američkih patenata naveden je kao potencijalni biomarker) raka.[8][9][10][11][12][13]

Interaktivni proteini

[uredi | uredi izvor]

Prethodni eksperimenti su otkrili da "PROSER2" stupa u interakciju s nekoliko drugih proteina, uključujući: STK24, ESR2, POT1, ACTB i EPS8.[36] Ovi proteini u interakciji su uključeni u kontrolu apoptoze, umnožavanja reproduktivnih ćelija, održavanja telomera, integriteta ćelije i napredovanja ćelijskog ciklusa. Ove interakcije identificiraju PROSER2 kao gen koji je snažno uključen u regulaciju ćelijske diferencijacije i apoptoze.

Ekspresija

[uredi | uredi izvor]

Ekspresija PROSER2 je izrazito specifična za tkivo, a koja je često niska. Kod ljudi, PROSER2 je najviše eksprimirann u koštanoj srži, fetusnom mozgu, fetusnom bubregu, jetri, fetusnoj jetri, plućima, uključujući i fetusna, limfnim čvorovima, prostati, želucu, timusu i dušniku (ID GEO profil: 69555271). Utvrđeno je i da je visoko eksprimiran u debelom crijevu, sjemenicima, paratiroidnoj žlijezdi i maternici (GEO profil ID: 10034772) . Visoka ekspresija u tkivu testisa i prostate je očekivana, s obzirom na postojanje SARG domena u genu i njegovu povezanost s androgenima. PROSER2 je najmanje eksprimiran u srcu, kičmenoj moždini i nekoliko područja u mozgu odrasle osobe (GEO profil ID: 69555271).PROSER2 ima veću ekspresiju kod pacijenata sa ETP-ALL (rani prekursor akutnih limfoblastnih leukemija T-ćelija), u poređenju sa kontrolama (GEO profil ID: 92018456) i visoko je eksprimiran u primarnim tumorima prostate u usporedbi s benignim i malignim obrascima (GEO profil ID: 14264706). PROSER2 je nedovoljno izražen kod muškaraca s AIS-om (sindrom neosjetljivosti na androgene), što slijedi s prethodno opisane dokaze u vezi s domenom SARG. Utvrđeno je da liječenje dihidrotestosteronom inducirs genitalne fibroblaste da povećaju ekspresiju PROSER2 , što dodatno potvrđuje da je to gen koji reagira na androgene (GEO profil ID: 20808032).[37]

Interakcije faktora transkripcije

[uredi | uredi izvor]

PROSER2 najjače stupa u interakciju sa sljedećim faktorima transkripcije: TATA vezujući proteinski faktor kičmenjaka, cinkov prst ZF5 POZ domene, transkripcijskim regulatorima porodice CTCF i BORIS gena, E2F- myc aktivatorom/regulatorom ćelijskog ciklusa, MYT1 C2HC proteinom cinkovog prsta, SOX/SRY– spol/testis koji određuje i povezani HMG-boksni faktori, CCAAT vezni faktori, HOX-PBX kompleksi i faktori transkripcije C2HC cinkovog prsta 13.[38] Gen SRY je primarni faktor u određivanju formiranja testisa tokom razvoja, pa je logično da bi povezanost PROSER2 s androgenima bila kontrolirana transkripcijskim faktorima u SOX -u /SRY-spol/testis koji određuju spol i srodnici faktora HMG kutije. Aktivator E2F-myc/regulator ćelijskog ciklusa je takođe važan jer Myc je bio uključen u puteve raka, pa ovaj odnos sa njegovim transkripcijskim faktorom pruža dodatne dokaze o ulozi PROSER2 kao potencijalnog biomarkera raka.[8][9][10][11][12][13]

Klinički značaj

[uredi | uredi izvor]

Iako funkcija PROSER2 kod ljudi nije razjašnjena, njegov SARG domen, proteini u interakciji/faktori transkripcije i obrasci ekspresije ukazuju da je PROSER2 uključen u kontrolu ćelijskog ciklusa i apoptozu te da reagira na prirodne androgene. PROSER2 može biti biomarker raka epitelnih ćelija, dojke, prostate, jajniks, pluća, mozga i raka krvi, kako je pokazano u nekoliko američkih patenata.[8][9][10][11][12][13]

Mutacije

[uredi | uredi izvor]

Ljudski PROSER2 sadrži sljedeće nekonzervirane jednonukleotidne polimorfizme (SNP-ove) unutar svojih egzona, koji su konzervirani među svim bliskim homolozima: D9N, C21G, G30S, R35Q, R40H, I69T, S71F, L46F, D83N, D109N, K200M, A412V, F345S, T408A i L425P.[39]

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000148426 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000045319 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b NCBI (National Center for Biotechnology Information) Protein
  6. ^ NCBI BLAST (National Center for Biotechnology Information Basic Local Alignment Search Tool ) [http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi]
  7. ^ Time Tree [http://www.timetree.org/]
  8. ^ a b c d e Pawlowski,T.,Yeatts, K., and Akhavan, R. (2012). Circulating biomarkers for cancer.
  9. ^ a b c d Birrer, M.J., Bonome, T.A., Sood, A., and LU, C. (2013). Pro-angiogenic genes in ovarian tumor endothelial cell isolates.
  10. ^ a b c d Nguyen,L.S., Kim, H.-G., Rosenfeld, J.A., Shen, Y., Gusella, J.F., Lacassie, Y., Layman, L.C., Shaffer, L.G., and Gécz, J. (2013). Contribution of copy number variants involving nonsense-mediated mRNA decay pathway genes to neuro-developmental disorders. Hum. Mol. Genet. 22, 1816–1825.
  11. ^ a b c d Schettini, J., Hornung, T., Holterman, D., and Spetzler, D. (2014). Biomarker compositions and methods.
  12. ^ a b c d Seto, M., Tagawa, H., Yoshida, Y., and Kira, S. (2008). Methods for Diagnosis and Prognosis of Malignant Lymphoma.
  13. ^ a b c d Zarbl, H., and Graham, J. (2014). Novel Method of Cancer Diagnosis and Prognosis and Prediction of Response to Therapy.
  14. ^ "UniProt, Q86WR7". Pristupljeno 4. 9. 2021.
  15. ^ NCBI (National Center for Biotechnology Information) Nucleotide
  16. ^ a b NCBI (National Center for Biotechnology Information) Gene
  17. ^ NCBI (NationalCenter for Biotechnology Information) AceView [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/Research/Acembly/]
  18. ^ Ensembl
  19. ^ GeneCards [http://www.genecards.org/]
  20. ^ a b NetPhos. ExPASy BioInformatics Resource Portal [http://expasy.org/]
  21. ^ a b GPS-SUMO. ExPASy BioInformatics Resource Portal [http://expasy.org/]
  22. ^ a b GPS-Lipid. ExPASy BioInformatics Resource Portal [http://expasy.org/]
  23. ^ a b YinOYang. ExPASy BioInformatics Resource Portal [http://expasy.org/]
  24. ^ NCBI BLAST (National Center for Biotechnology Information Basic Local Alignment Search Tool )[1]</nowiki>
  25. ^ Time Tree
  26. ^ SDSC (San Diego Supercomputer Center) Biology Workbench. BOXSHADE [http://workbench.sdsc.edu/]
  27. ^ SDSC (San Diego Supercomputer Center) Biology Workbench. ClustalW Multiple Sequence Alignment [http://workbench.sdsc.edu/]
  28. ^ Isoelectric Point Determination. Biology WorkBench [http://workbench.sdsc.edu]
  29. ^ a b Marchler-Bauer A et al. (2015), "CDD: NCBI's conserved domain database.", Nucleic Acids Res. 43(Database issue):D222-6.
  30. ^ Ensembl
  31. ^ UniProt [http://www.uniprot.org/uniprot/]
  32. ^ a b Predict Protein. [https://www.predictprotein.org/]
  33. ^ PELE. SDSC Biology Workbench [http://workbench.sdsc.edu/]
  34. ^ SOSUI. ExPASy BioInformatics Resource Portal [http://expasy.org/]
  35. ^ Secretome. ExPASy BioInformatics Resource Portal [http://expasy.org/]
  36. ^ STRING 10: Known and Predicted Protein-Protein Interactions. [http://string-db.org/]
  37. ^ Barrett T, Wilhite SE, Ledoux P, Evangelista C, Kim IF, Tomashevsky M, et al. (2013). "(Jan 2013). "NCBI GEO: archive for functional genomics data sets--update"". Nucleic Acids Research. 41 (Database issue): D991–5. doi:10.1093/nar/gks1193. PMC 3531084. PMID 23193258.
  38. ^ Genomatix. ElDorado.[https://www.genomatix.de/cgi-bin//eldorado/eldorado.pl]
  39. ^ dbSNP NCBI (National Center for Biotechnology Information Basic Local Alignment Search Tool) [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP]

Dopunska literatura

[uredi | uredi izvor]
Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=PROSER2&oldid=3512667"