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理化学研究所オミックス基盤研究領域では、保有する各種次世代シーケンサーを用いてシーケンサー利用技術講習会を開催します。シーケンサーは生命分子解析システムとして極めて強力な研究ツールであり、技術革新が著しいものですが価格が高価であるため必ずしも大学等研究機関において導入することが容易ではありません。そこで当研究領域では、最先端シーケンサーの利用を推進し、わが国における生命分子研究の充実を図るべく、保有するシーケンサーを用いて利用予定者等を対象として利用技術講習会を開催します。講習会は、次世代シーケンサーの知識習得、技術習得を目的とするもので、今回は、イルミナ社Genome Analyzer/Hiseq2000の機種の使用を想定しています。今回は、これまで行った基礎講習会をふまえ、実験に即した内容としてのアドバンストコースで、CAGEライブラリー作製の講習（講義と実習）を行います。今回の実習は
Amazon S3 Glacier ストレージクラス 長期的で安全で耐久性のあるストレージクラスで、最小のコストとミリ秒のアクセスでデータをアーカイブ Amazon S3 Glacier ストレージクラス は、データアーカイブ専用に設計されており、クラウドで最高のパフォーマンス、最高の検索の柔軟性、最低のコストのアーカイブストレージを提供します。すべての S3 Glacier ストレージクラスは、事実上無制限のスケーラビリティを提供し、データの耐久性が 99.999999999% (11 ナイン) を実現できるように設計されています。S3 Glacier ストレージクラスは、アーカイブデータへの最速のアクセスとクラウド内の最低コストのアーカイブストレージのためのオプションをもたらします。 さまざまなアクセスパターンやストレージ期間に最適化された 3 種類のアーカイブストレージクラスから選択
方 法 はじめに（お客様コメント） Application Note 2012〈10〉 本稿の全てのデータにつきましては、理化学研究所発生・再生科学総合研究センター機能ゲノミクスユニット笹川洋平様のご厚意により 掲載させていただきました。ここに深く感謝申し上げます。 私は、日本ジェネティクスさんが売り出されている一連のKAPA製品と自作のIndex付きアダプターDNAを使うことで、高感度でロバスト な微量サンプル（0.1-10ng）対応のmultiplex-library preparation methodを完成させました。アプリケーションノートの検証では、同 スタートマテリアルからライブラリDNAを作製しており、収量・分布・内容にどれだけブレが生じたか調べています。検証結果を見ていた だければ、ライブラリ作製方法が非常に高感度でロバストであることが納得していただけると思います。検証で
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東北大学大学院 医学系研究科 次世代DNAシークエンサー 利用の手引 2010年11月24日（水） 17時30分～ 星陵キャンパス 5号館2階 201セミナー室 医学系研究科 細胞増殖制御分野 中山啓子 ・ 西田有一郎 ・ 舟山亮 １ 塩基読取 DNA精製, RNA精製, ChIP など ライブラリ作製 マッピング解析, SNP 解析 ビーズ作製 実験計画の打ち合わせ タグカウント解析, ピーク解析 次世代DNAシークエンス解析の流れ 解析用サンプル の調製 データ解析 サンプルの準備 解析のお問い合わせ 東北大学大学院 医学系研究科 細胞増殖制御分野 越田（nkoshita@med.tohoku.ac.jp） 解析結果の納付（サンプル引き渡し後、1～2か月程度） 細胞増殖 制御分野 使用者 細胞増殖 制御分野 ２ シークエンシング解析 ～2週間 4～14日間 ～1週間 サンプル引き渡し
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ChIP-seq:実験のデザインと落とし穴 2 はじめに 次世代シークエンサー関連の論文 ChIP seq法によるタンパク質の動態解析 ーゲノムのどの場所にいつ結合するのかを明らかにするー • タンパクの位置情報は様々な機能情報をもたらす – 既知の機能配列との相関。既知の機能タンパクとの相関 • 例えば二つのタンパク結合プロファイルが一致する – 二つは同じ機能を持つ複合体に帰属する可能性、制御関係にある可能性 を示唆 – 健常と疾患由来細胞におけるタンパクの振る舞いの違い ✴ 分子病態の解明 ゲノム上の位置 結 合 量 セントロメア テロメアテロメア 複製開始点 複製開始点 ChIP-seq法による制御系とタンパク複合体の予測例 Scc1 （コヒーシン） Sc
The vast majority of prenatal genetic testing requires invasive sampling. However, this poses a risk to the fetus, so one must make a decision that weighs the desire for genetic information against the risk of an adverse outcome due to hazards of the testing process. These issues are not required to be coupled, and it would be desirable to discover genetic information about the fetus without incur
統合データベース講習会は、生命科学系のデータベースやツールの使い方、データベースを統合する活動を紹介する講習会です。 今回の講習会では、1日目は生命科学系データベースのカタログ、横断検索、アーカイブの使い方や生命科学系の主要なデータベース（DDBJ：DNA Data Bank of Japan、PDBj：Protein Data Bank Japan、KEGG： Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）の使い方について、また、Cytoscapeの使い方を紹介します。2日目はRおよびBioconductorを使った次世代シークエンサデータの解析のほか、遺伝子発現データベースや解析ツールをご紹介します。参加者全員がハンズオンでコンピュータを使いながらの講習です。 対象： 生命科学分野のデータベースを利用したい、研究に役立てたい方。 日時： 2012年8月
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