湖西線コースが比良颪で止まるリスク含みだと言うなら、その裏の朽木谷を縦走する鯖街道コースを真面目に検討するべき。
敦賀～マキノ～朽木から比叡山の脇に出て、山科をかすめて七条の京都駅に繋げば地下水の問題もミニマムなはず。何よりトンネルが少なくて良いので工事費が安い。
湖西線が並走在来線になるけど、JR西日本がマイルールでしかない3セク化ルールを曲げて配慮すればいいだけなので無問題。
唯一問題になるのは、朽木谷は江戸時代の大断層そのものだということだけだけど、日本で断層跡よけてたら何も作れんだろうから開き直って良いのでは（小浜コースだって、精査したら断層だらけの筈だ…）。