Mega Drive Mini的內載遊戲也並非直接複製原始程式,一些遊戲藉機進行了修正當年一些缺點,或是改為適合現代液晶顯示器的畫面調整,使其收藏價值增加,同時有幾款當年種種因素並未上市或是屬於通信傳送遊戲而未有卡帶生產,之後隨著通信傳送這一遊戲方式迅速消失而失傳的遊戲,也重現於此一遊戲機上供收藏者永遠保存。但此次推出的美版、亞版、日版三種主機內含遊戲略有不同,有一考量是許多文字類遊戲日文的因素所以在美版和亞版中換成了動作型遊戲讓外國玩家能較適用,但也是一種行銷手段所以想收集齊全全部遊戲者可能必須買下三種版本主機。[3][4]