CNOT1

CNOT1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 4C0D, 4CQO, 4CRV, 4CRW, 4CT4, 4CT6, 4CT7, 4GMJ, 4GML, 4J8S, 5ANR, 5FU6, 5FU7
Ідентифікатори
Символи	CNOT1, CDC39, NOT1, NOT1H, AD-005, CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HPE12, VIBOS
Зовнішні ІД	OMIM: 604917 MGI: 2442402 HomoloGene: 9453 GeneCards: CNOT1
Онтологія гена Молекулярна функція • poly(A)-specific ribonuclease activity • protein domain specific binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • retinoic acid receptor binding • armadillo repeat domain binding • GO:0032947 molecular adaptor activity • estrogen receptor binding • RNA binding Клітинна компонента • мембрана • CCR4-NOT complex • peroxisomal membrane • P-body • CCR4-NOT core complex • клітинне ядро • міжклітинний простір • цитоплазма • гіалоплазма Біологічний процес • nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening • negative regulation of translation • positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway • regulation of stem cell population maintenance • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • positive regulation of mRNA catabolic process • transcription, DNA-templated • multicellular organism development • positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly • positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay • gene silencing by miRNA • Сайленсинг генів • negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway • regulation of translation • RNA phosphodiester bond hydrolysis, exonucleolytic • DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	23019	234594
Ensembl	ENSG00000125107	ENSMUSG00000036550
UniProt	A5YKK6 H3BNB1	Q6ZQ08
RefSeq (мРНК)	NM_001265612 NM_016284 NM_206999	NM_001205226 NM_153164 NM_178078 NM_001372351 NM_001372353
RefSeq (білок)	NP_001252541 NP_057368 NP_996882	NP_001192155 NP_694804 NP_835179 NP_001359280 NP_001359282
Локус (UCSC)	Хр. 16: 58.52 – 58.63 Mb	Хр. 8: 96.45 – 96.53 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

CNOT1 (англ. CCR4-NOT transcription complex subunit 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 16-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 2 376 амінокислот, а молекулярна маса — 266 939.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MNLDSLSLAL		SQISYLVDNL		TKKNYRASQQ		EIQHIVNRHG		PEADRHLLRC
LFSHVDFSGD		GKSSGKDFHQ		TQFLIQECAL		LITKPNFIST		LSYAIDNPLH
YQKSLKPAPH		LFAQLSKVLK		LSKVQEVIFG		LALLNSSSSD		LRGFAAQFIK
QKLPDLLRSY		IDADVSGNQE		GGFQDIAIEV		LHLLLSHLLF		GQKGAFGVGQ
EQIDAFLKTL		RRDFPQERCP		VVLAPLLYPE		KRDILMDRIL		PDSGGVAKTM
MESSLADFMQ		EVGYGFCASI		EECRNIIVQF		GVREVTAAQV		ARVLGMMART
HSGLTDGIPL		QSISAPGSGI		WSDGKDKSDG		AQAHTWNVEV		LIDVLKELNP
SLNFKEVTYE		LDHPGFQIRD		SKGLHNVVYG		IQRGLGMEVF		PVDLIYRPWK
HAEGQLSFIQ		HSLINPEIFC		FADYPCHTVA		TDILKAPPED		DNREIATWKS
LDLIESLLRL		AEVGQYEQVK		QLFSFPIKHC		PDMLVLALLQ		INTSWHTLRH
ELISTLMPIF		LGNHPNSAII		LHYAWHGQGQ		SPSIRQLIMH		AMAEWYMRGE
QYDQAKLSRI		LDVAQDLKAL		SMLLNGTPFA		FVIDLAALAS		RREYLKLDKW
LTDKIREHGE		PFIQACMTFL		KRRCPSILGG		LAPEKDQPKS		AQLPPETLAT
MLACLQACAG		SVSQELSETI		LTMVANCSNV		MNKARQPPPG		VMPKGRPPSA
SSLDAISPVQ		IDPLAGMTSL		SIGGSAAPHT		QSMQGFPPNL		GSAFSTPQSP
AKAFPPLSTP		NQTTAFSGIG		GLSSQLPVGG		LGTGSLTGIG		TGALGLPAVN
NDPFVQRKLG		TSGLNQPTFQ		QSKMKPSDLS		QVWPEANQHF		SKEIDDEANS
YFQRIYNHPP		HPTMSVDEVL		EMLQRFKDST		IKREREVFNC		MLRNLFEEYR
FFPQYPDKEL		HITACLFGGI		IEKGLVTYMA		LGLALRYVLE		ALRKPFGSKM
YYFGIAALDR		FKNRLKDYPQ		YCQHLASISH		FMQFPHHLQE		YIEYGQQSRD
PPVKMQGSIT		TPGSIALAQA		QAQAQVPAKA		PLAGQVSTMV		TTSTTTTVAK
TVTVTRPTGV		SFKKDVPPSI		NTTNIDTLLV		ATDQTERIVE		PPENIQEKIA
FIFNNLSQSN		MTQKVEELKE		TVKEEFMPWV		SQYLVMKRVS		IEPNFHSLYS
NFLDTLKNPE		FNKMVLNETY		RNIKVLLTSD		KAAANFSDRS		LLKNLGHWLG
MITLAKNKPI		LHTDLDVKSL		LLEAYVKGQQ		ELLYVVPFVA		KVLESSIRSV
VFRPPNPWTM		AIMNVLAELH		QEHDLKLNLK		FEIEVLCKNL		ALDINELKPG
NLLKDKDRLK		NLDEQLSAPK		KDVKQPEELP		PITTTTTSTT		PATNTTCTAT
VPPQPQYSYH		DINVYSLAGL		APHITLNPTI		PLFQAHPQLK		QCVRQAIERA
VQELVHPVVD		RSIKIAMTTC		EQIVRKDFAL		DSEESRMRIA		AHHMMRNLTA
GMAMITCREP		LLMSISTNLK		NSFASALRTA		SPQQREMMDQ		AAAQLAQDNC
ELACCFIQKT		AVEKAGPEMD		KRLATEFELR		KHARQEGRRY		CDPVVLTYQA
ERMPEQIRLK		VGGVDPKQLA		VYEEFARNVP		GFLPTNDLSQ		PTGFLAQPMK
QAWATDDVAQ		IYDKCITELE		QHLHAIPPTL		AMNPQAQALR		SLLEVVVLSR
NSRDAIAALG		LLQKAVEGLL		DATSGADADL		LLRYRECHLL		VLKALQDGRA
YGSPWCNKQI		TRCLIECRDE		YKYNVEAVEL		LIRNHLVNMQ		QYDLHLAQSM
ENGLNYMAVA		FAMQLVKILL		VDERSVAHVT		EADLFHTIET		LMRINAHSRG
NAPEGLPQLM		EVVRSNYEAM		IDRAHGGPNF		MMHSGISQAS		EYDDPPGLRE
KAEYLLREWV		NLYHSAAAGR		DSTKAFSAFV		GQMHQQGILK		TDDLITRFFR
LCTEMCVEIS		YRAQAEQQHN		PAANPTMIRA		KCYHNLDAFV		RLIALLVKHS
GEATNTVTKI		NLLNKVLGIV		VGVLLQDHDV		RQSEFQQLPY		HRIFIMLLLE
LNAPEHVLET		INFQTLTAFC		NTFHILRPTK		APGFVYAWLE		LISHRIFIAR
MLAHTPQQKG		WPMYAQLLID		LFKYLAPFLR		NVELTKPMQI		LYKGTLRVLL
VLLHDFPEFL		CDYHYGFCDV		IPPNCIQLRN		LILSAFPRNM		RLPDPFTPNL
KVDMLSEINI		APRILTNFTG		VMPPQFKKDL		DSYLKTRSPV		TFLSDLRSNL
QVSNEPGNRY		NLQLINALVL		YVGTQAIAHI		HNKGSTPSMS		TITHSAHMDI
FQNLAVDLDT		EGRYLFLNAI		ANQLRYPNSH		THYFSCTMLY		LFAEANTEAI
QEQITRVLLE		RLIVNRPHPW		GLLITFIELI		KNPAFKFWNH		EFVHCAPEIE
KLFQSVAQCC		MGQKQAQQVM		EGTGAS

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, білків розвитку. Задіяний у таких біологічних процесах як регуляція трансляції, транскрипція, регуляція транскрипції, РНК-залежне заглушення генів. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Winkler G.S., Mulder K.W., Bardwell V.J., Kalkhoven E., Timmers H.T. (2006). Human Ccr4-Not complex is a ligand-dependent repressor of nuclear receptor-mediated transcription. EMBO J. 25: 3089—3099. PMID 16778766 DOI:10.1038/sj.emboj.7601194
• Braun J.E., Huntzinger E., Fauser M., Izaurralde E. (2011). GW182 proteins directly recruit cytoplasmic deadenylase complexes to miRNA targets. Mol. Cell. 44: 120—133. PMID 21981923 DOI:10.1016/j.molcel.2011.09.007
• Sandler H., Kreth J., Timmers H.T., Stoecklin G. (2011). Not1 mediates recruitment of the deadenylase Caf1 to mRNAs targeted for degradation by tristetraprolin. Nucleic Acids Res. 39: 4373—4386. PMID 21278420 DOI:10.1093/nar/gkr011
• Ito K., Takahashi A., Morita M., Suzuki T., Yamamoto T. (2011). The role of the CNOT1 subunit of the CCR4-NOT complex in mRNA deadenylation and cell viability. Protein Cell. 2: 755—763. PMID 21976065 DOI:10.1007/s13238-011-1092-4

Див. також

• Хромосома 16