Harris fu scelto nel corso del sesto giro (184º assoluto) del Draft NFL 2018 dai San Francisco 49ers.[1] Il 3 settembre 2018 fu inserito in lista infortunati.[2] Tornò disponibile il 1º novembre.[3] Nella settimana 16 contro i Chicago Bears, Harris mise a segno un colpo irregolare su Mitchell Trubisky, venendo multato di 10.026 dollari dalla lega. La sua prima stagione si chiuse con 34 tackle in 8 presenze, di cui 5 come titolare.
Il 31 agosto 2019, Harris fu svincolato dai 49ers e rifirmò per la squadra di allenamento il giorno successivo.[4][5] Fu promosso nel roster attivo il 3 ottobre 2019.[6] Nella settimana 13 contro i Baltimore Ravens forzò un fumble sul quarterbackLamar Jackson che recuperò egli stesso.[7] La sua seconda stagione si chiuse con 40 tackle, 5 passaggi deviati e 3 fumble forzati in 13 presenze, di cui 4 come titolare. Il 2 febbraio 2020 scese in campo nel Super Bowl LIV in cui i 49ers furono sconfitti per 31-20 dai Kansas City Chiefs.[8]