ImageJ

ImageJ; software
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	varie schermate di plugin diversi di ImageJ; per la microscopia, in esecuzione.varie schermate di plugin diversi di ImageJ; per la microscopia, in esecuzione.
Genere	Elaborazione digitale delle immagini
Sviluppatore	Wayne Rasband (NIH)
Ultima versione	1.54k (16 settembre 2024)
Sistema operativo	GNU/Linux ; macOS; Unix-like
Linguaggio	Materia:Java
Licenza	Dominio pubblico; (licenza libera)
Sito web	imagej.nih.gov/ij/index.html

ImageJ è un programma informatico di elaborazione digitale delle immagini, rilasciato nel pubblico dominio, basato su Sun-Java; sviluppato dal National Institutes of Health degli Stati Uniti.^[1] ImageJ è stato progettato con una open architecture che prevede la possibilità di avere estensioni tramite piccoli sottoprogrammi "plugin Java" e molte macro registrabili.^[2]

Sono disponibili dei plugin "ad hoc" per l'acquisizione, l'analisi ed il processamento delle immagini, che possono essere "stacks", cioè fettine impilate di una sezione cubica (formati da voxel di dati a 8, 16 o 32 bit, caratterizzati da avere coordinate topografiche tridimensionali) memorizzate come un unico file, che possono essere in seguito evidenziate (ROI), trasformate, rigirate o deformate in base a diversi criteri.

Caratteristiche

Editor di plugin

ImageJ possiede un editor di plugin incorporato ed un compilatore Java. Molti plugin scritti dagli utenti gli rendono possibile risolvere molti problemi di processamento delle immagini e di analisi, dalla visualizzazione di cellule viventi tridimensionali,^[3] all'image processing in radiologia,^[4] il confronto tra i dati di molteplici sistemi di imaging^[5] fino a sistemi automatizzati per l'ematologia.^[6]

L'architettura a plugin di imageJ e l'ambiente di sviluppo in esso incorporato lo hanno reso una piattaforma molto popolare per l'insegnamento del processamento delle immagini.^[7]^[8]

ImageJ può essere fatto girate come un applet online, come un'applicazione scaricabile dalla rete, oppure su qualsiasi computer (Mac, Linux, Windows) che abbia installato la macchina virtuale Java 1.4 o versioni posteriori. Versioni scaricabili dalla rete sono disponibili per Microsoft Windows, Mac OS, macOS, Linux, e per il computer palmare Sharp Zaurus. Il codice sorgente per ImageJ è liberamente scaricabile.^[9]

Lo sviluppatore del progetto, Wayne Rasband, è un membro dell'istituto "Research Services Branch" del National Institute of Mental Health (USA).

Formati di immagine supportati

ImageJ può visualizzare, editare, analizzare, processare, salvare, e stampare immagini a livelli di grigio (8 bit, 16 bit e 32 bit) ed a colori (8 bit e 24 bit). Può leggere molti formati di immagine inclusi TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS, così come anche alcuni formati "raw". ImageJ supporta gli stack di immagini, serie di immagini sovrapposte (sia spazialmente come "sezioni" di un corpo tridimensionale, sia temporalmente come una sequenza di immagini bi o tri-dimensionali, comunque denominate "slices") che condividono una singola finestra, ed è abilitato al multithreading, in modo che alcune operazioni che richiedono molto tempo di calcolo possano essere eseguite in parallelo su hardware multi-CPU.

Funzioni di calcolo e trasformazioni

ImageJ può calcolare l'area e le statistiche dei valore dei pixel in selezioni definite dall'utente e di oggetti segmentati in base a soglie di intensità. Può anche misurare distanze e angoli. Può creare istogrammi di densità e tracciare delle linee profilo (tra punti definiti). Supporta le funzioni di elaborazione standard delle immagini, come operazioni di tipo logico e aritmetico tra immagini, regolazione di luminosità e contrasto, convoluzione, analisi di Fourier, incremento della nitidezza, lo smoothing, riconoscimento dei contorni e filtraggio mediano, morfologia matematica. Esegue anche trasformazioni geometriche come lo scaling, rotazione e riflessione. Il programma può aprire qualsiasi numero di immagini simultaneamente, limitato soltanto dalla memoria RAM disponibile nel computer.

Manuali in italiano

Manuale-relazione su alcuni comandi e plugin di ImageJ (scritto da studenti dell'Università di Catania)
Manuale-tutorial del CNR^{[collegamento interrotto]} (powerpoint)
Università di Bari: come costruire e distribuire un plugin-applet java per Image J
Università di Udine: esercizi online di introduzione a ImageJ, su mitel.dimi.uniud.it.

Storia

Prima dell'uscita di ImageJ nel 1997, era disponibile NIH Image, un sistema di analisi di immagini simile rilasciato come freeware, che era stato sviluppato per il Macintosh per l'omonimo sistema operativo. Successivi sviluppi di questo codice continuano sotto il nome di Image SXM, una variante messa a punto per la ricerca su immagini prodotte dal microscopio elettronico a scansione. Venne sviluppata anche una versione per Windows, portato su questa piattaforma dalla Scion Corporation. Entrambe le versioni sono ancora disponibili.^[10]

Note

^ Collins TJ, ImageJ for microscopy, in BioTechniques, vol. 43, 1 Suppl, luglio 2007, pp. 25–30, DOI:10.2144/000112517, PMID 17936939.
^ Girish V, Vijayalakshmi A, Affordable image analysis using NIH Image/ImageJ, in Indian J Cancer, vol. 41, n. 1, 2004, p. 47, PMID 15105580.
^ Eliceiri K, Rueden C, Tools for visualizing multidimensional images from living specimens, in Photochem Photobiol, vol. 81, n. 5, 2005, pp. 1116–22, DOI:10.1562/2004-11-22-IR-377, PMID 15807634.
^ Barboriak D, Padua A, York G, Macfall J, Creation of DICOM–aware applications using ImageJ, in J Digit Imaging, vol. 18, n. 2, 2005, pp. 91–9, DOI:10.1007/s10278-004-1879-4, PMID 15827831.
^ Rajwa B, McNally H, Varadharajan P, Sturgis J, Robinson J, AFM/CLSM data visualization and comparison using an open-source toolkit, in Microsc Res Tech, vol. 64, n. 2, 2004, pp. 176–84, DOI:10.1002/jemt.20067, PMID 15352089.
^ Gering E, Atkinson C, A rapid method for counting nucleated erythrocytes on stained blood smears by digital image analysis, in J Parasitol, vol. 90, n. 4, 2004, pp. 879–81, DOI:10.1645/GE-222R, PMID 15357090.
^ Burger W, Burge M, Digital Image Processing: An Algorithmic Approach Using Java, Springer, 2007, ISBN 1-84628-379-5.
^ Dougherty, G, Digital Image Processing for Medical Applications, Cambridge University Press, 2009, ISBN 978-0-521-86085-7.
^ Rueden CT, Eliceiri KW, Visualization approaches for multidimensional biological image data, in BioTechniques, vol. 43, 1 Suppl, luglio 2007, pp. 31, 33–6, DOI:10.2144/000112511, PMID 17936940.
^ NIH File: About, su rsbweb.nih.gov. URL consultato il 18 novembre 2008.

Altri progetti

Wikimedia Commons contiene immagini o altri file su ImageJ

Collegamenti esterni

(EN) Sito ufficiale, su imagej.nih.gov.
ImageJ, su packages.debian.org.
Repository sorgenti di ImageJ, su github.com.
(EN) ImageJ, su Free Software Directory.
Manuale in italiano (pdf scaricabile ma non stampabile)
(EN) ImageJ Documentation Wiki, su imagejdocu.tudor.lu.
(EN) Review of ImageJ by Forrest Mims III in The Citizen Scientist, the journal of the Society for Amateur Scientists.

Distribuzioni

(EN) ImageJ for Microscopy - from the McMaster Biophotonics Facility
(EN) Fiji (Fiji is Just ImageJ): An ImageJ bundled distribution; many scripting languages supported (see Scripting). Fiji focuses on image registration, stitching, segmentation and 3D visualization.
(EN) Wiki di istruzioni per il Tudor DICOM Tools (sito nel Lussemburgo)

Plugins

(EN) ImageJ Plugin home, su rsb.info.nih.gov.
(EN) ImageJ Plugin Project @ Sourceforge.net
(EN) Bio-medical Imaging plugins, su bij.isi.uu.nl. URL consultato il 25 novembre 2009 (archiviato dall'url originale il 15 gennaio 2020).
(EN) The Image Stabilizer plugin for ImageJ, su kangli.org. URL consultato il 28 dicembre 2021 (archiviato dall'url originale il 22 aprile 2016).
(EN) OptiNav plugin set: Aeroacoustics, real time histograms, deconvolutions.
Large set of plugins by Gabriel Landini
(EN) Albert Cardona's 3D editing plugins.
(EN) Plugins for surface assessment from GCSCA
(EN) TrakEM2: a plugin for morphological data mining, 3D modeling, and image stitching, registration, editing and annotation.
(EN) Various plugins by Ulf Dittmer: Expression, HPGLReader, OpenGLExample, Pixellate, Seam Carving, Warp
(EN) SIFT-implementation by Stephan Saalfeld: A lightweight SIFT-implementation under GPL, see more about SIFT algorithm
(ES) bUnwarpJ Archiviato il 14 dicembre 2009 in Internet Archive. by Ignacio Arganda-Carreras: a plugin for consistent and elastic image registration.
(EN) Plugins of the Biomedical Imaging Group (EPFL)
(EN) Teaching image-processing programming in Java Archiviato il 6 luglio 2011 in Internet Archive. with plugins of ImageJ
(EN) Tudor DICOM Tools, su imagejdocu.tudor.lu.

NIH Image

(EN) Home page del National Institute of Health Image, su rsb.info.nih.gov. URL consultato il 25 novembre 2009 (archiviato dall'url originale il 3 gennaio 2013).
(EN) Scion Image Download, su scioncorp.com. URL consultato il 25 novembre 2009 (archiviato dall'url originale il 20 aprile 2009).

Portale Astronomia

Portale Biologia

Portale Medicina

Portale Software libero

[1] Collins TJ, ImageJ for microscopy, in BioTechniques, vol. 43, 1 Suppl, luglio 2007, pp. 25–30, DOI:10.2144/000112517, PMID 17936939.

[2] Girish V, Vijayalakshmi A, Affordable image analysis using NIH Image/ImageJ, in Indian J Cancer, vol. 41, n. 1, 2004, p. 47, PMID 15105580.

[3] Eliceiri K, Rueden C, Tools for visualizing multidimensional images from living specimens, in Photochem Photobiol, vol. 81, n. 5, 2005, pp. 1116–22, DOI:10.1562/2004-11-22-IR-377, PMID 15807634.

[4] Barboriak D, Padua A, York G, Macfall J, Creation of DICOM–aware applications using ImageJ, in J Digit Imaging, vol. 18, n. 2, 2005, pp. 91–9, DOI:10.1007/s10278-004-1879-4, PMID 15827831.

[5] Rajwa B, McNally H, Varadharajan P, Sturgis J, Robinson J, AFM/CLSM data visualization and comparison using an open-source toolkit, in Microsc Res Tech, vol. 64, n. 2, 2004, pp. 176–84, DOI:10.1002/jemt.20067, PMID 15352089.

[6] Gering E, Atkinson C, A rapid method for counting nucleated erythrocytes on stained blood smears by digital image analysis, in J Parasitol, vol. 90, n. 4, 2004, pp. 879–81, DOI:10.1645/GE-222R, PMID 15357090.

[7] Burger W, Burge M, Digital Image Processing: An Algorithmic Approach Using Java, Springer, 2007, ISBN 1-84628-379-5.

[8] Dougherty, G, Digital Image Processing for Medical Applications, Cambridge University Press, 2009, ISBN 978-0-521-86085-7.

[9] Rueden CT, Eliceiri KW, Visualization approaches for multidimensional biological image data, in BioTechniques, vol. 43, 1 Suppl, luglio 2007, pp. 31, 33–6, DOI:10.2144/000112511, PMID 17936940.

[10] NIH File: About, su rsbweb.nih.gov. URL consultato il 18 novembre 2008.

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