Aertssen speelde in de jeugd bij achtereenvolgens Oirschot Vooruit, VV Wolfaartsdijk, VV Kloetinge en Sparta Rotterdam alvorens hij in 2019 overstapte naar Ajax.[1][2] Een jaar later tekende hij er een driejarig profcontract.[3] Op 10 januari 2022 maakte hij namens Jong Ajax zijn debuut in een uitwedstrijd bij Jong FC Utrecht.[4] Op 11 januari 2023 debuteerde hij in het eerste team van Ajax, als invaller in de bekerwedstrijd tegen FC Den Bosch. Op 21 februari verlengde Aertssen zijn verbintenis met Ajax tot medio 2025.
Op 26 augustus 2024 werd bekend dat Aertssen de overstap naar PEC Zwolle zou maken, hij tekende hier voor een contract van tot juni 2027 met een optie voor nog een jaar[5].