2015年9月16日，李克强签署国务院令，公布了《长江三峡水利枢纽安全保卫条例》。（图片来源：Adobe Stock）
三峡工程对于重庆市近期和远期所造成的危害都是非常明显和严重的。三峡工程对湖北省、长江中游地区的危害也不小。由于三峡工程的各种危害不断出现和加重，中央军委批准总参抽调一个团兵力保卫“三峡”安全，包括四组地对空导弹、一大队陆军直升机、八艘巡逻快艇、二十四支机动快速反应中队等，全部兵力四千六百人编制。
《财经》副主编罗昌平在微信上发表文章，解读2015年国务院发布命令，海陆空立体保卫三峡条例，偏偏将重庆排除在保卫工作之外，此举正突显了三峡的一大隐患。
2015年9月16日，李克强签署国务院令，公布了《长江三峡水利枢纽安全保卫条例》（以下简称条例），自2013年10月1日起施行针对三峡工程的海陆空立体及从中央到地方四级防卫条例。此条例的发布，突显长江三峡水利枢纽的危险增大。
条例共7章41条，分为总则、陆域安全保卫、水域安全保卫、空域安全保卫、安全保卫职责、法律责任、附则。引人关注的是，条例还明确了从中央、湖北省、宜昌市到三峡枢纽运行管理单位的四级安保工作协调机制，确定了牵头责任主体和重点职责。条例明确了长江流域各港口码头以及进入三峡枢纽安全保卫区船舶的相关安全保卫职责，强化了码头和船舶管理责任人的安全责任制，从源头上预防、消除威胁三峡枢纽的安全隐患。
三峡工程分布在重庆市到湖北省宜昌市的长江干流上，但是条例似乎排除了重庆市参与安全保卫的资格。这正显示了三峡工程的一个危险性。据维基百科称，三峡工程对重庆市造成多重危害：
1、新重庆地区的贫困问题
作为三峡库区于1997年和并入重庆的15个区县因移民造成严重失业，贫困问题严重，而由于这些城市并入相对发达的重庆，更造成重庆市城乡极为悬殊的经济差距（2009年达到了500%）。三峡工程上马导致库区2000多家企业被关闭，失业者大增。库区经济以“吃财政饭”为主，税收持续下降。属于三峡库区的万州当地城镇失业率8.1%，21.9%的城镇移民靠低保生活。三峡库区的涪陵及其以下8个区县，当地城镇失业率8.95%，人均GDP是重庆主城9区的20%不到，全国平均水平的50%。很多移民和搬迁安置款项至今没有到位，造成了重庆主城区与三峡库区居民严重的对立情绪和冲突。
2、泥沙淤积和水位问题
长江上游河流所携带的除了泥沙，还有颗粒较大的鹅卵石，在三峡大坝筑起后将极难排出，会造成堵塞，并向上游延伸，进而影响重庆。与泥沙淤积问题同样极具争议的，还有水位问题。在三峡蓄水至135米后，有人发现从大坝到库尾之间的水位落差多达34.7米，远远超过了工程论证报告认为的0.4米，因此担忧重庆可能会在三峡完全蓄水后被淹没。三峡大坝可行性论证中关于水库水力坡度的论证被认为存在错误，因此会造成更多淹没地区和移民数量。
3、生态环境问题
三峡工程对环境和生态的影响非常广，其中对库区的影响最直接和显著，对长江流域也存在重大影响，甚至还有人认为三峡工程将会使得全球的气候和海洋环境发生重大变化。
库区人们对三峡工程影响环境的最大担忧来自于水库的污染。目前三峡两岸城镇和游客的排放的污水和生活垃圾，都未经处理直接排入长江。在蓄水后，由于水流静态化，污染物不能及时下泄而蓄积在水库中，因此已经造成了水质恶化和垃圾漂浮，并可能引发传染病，部分城镇已在其他水源采集生活用水。同时大批移民开垦荒地，也加剧了水体污染，并产生水土流失的现象。重庆三峡库区污染问题有七成是农业生产以及农民生活对环境造成的污染，已经大大超过了工业污染水平。
4、地质灾害问题
三峡大坝蓄水容量（库容）为100亿立方米以上，由于坝底压力巨大，渗流要比蓄水前高很多，不仅影响地下水水位，还会对周围地质条件产生影响。由于三峡两岸山体下部未来长期处于浸泡之中，因此发生山体滑坡、塌方和泥石流的频率会有所增加。由于三峡工程建设过程中大规模的开山动土，使本来就脆弱的三峡生态环境，更雪上加霜。造成库区周围的建筑裂缝，山体滑坡加剧。由于三峡工程而新建的新县城比如湖北的黄土坡和奉节的宝塔坪都由于严重滑坡，使新县城不得不转移阵地，但是由此也造成巨大的经济损失。另外三峡工程诱使库区周边的地震多发，据统计，自2003年蓄水以来，奉节发生地震14次，最大震级2.9级，其中五次为有明显震感的地震。水库诱发的地震一般发生在近坝区，它和普通地震的最大区别是：震源更浅、破坏性更大。而为了治理这些灾害，截至2010年3月中国已经花费了120亿元人民币。重庆山下库区近一半的地区存在水土流失，石漠化严重。三峡库区重庆境内有超过一万处隐患点。截至2010年已发生地质灾害（险情）252处。截至2010年5月，自三峡工程175米试验性蓄水以来，新生突发地质灾害增多。库区共发生形变或地质灾害灾（险）情132起，塌岸97段长约3.3公里，紧急转移群众近2000人。在二、三期地质灾害防治规划范围外已发生新生突发性灾（险）情30多处。
从以上资料可以看出，三峡工程对于重庆市近期和远期所造成的危害都是非常明显和严重的。三峡工程对湖北省、长江中游地区的危害也不小。由于三峡工程的各种危害不断出现和加重，中央军委批准总参抽调一个团兵力保卫“三峡”安全，包括四组地对空导弹、一大队陆军直升机、八艘巡逻快艇、二十四支机动快速反应中队等，全部兵力四千六百人编制。
5、三峡大坝的命运
1991年初，以美国为首的联合国多国部队，充分利用先进的科学技术的优势，打击伊拉克。这时，中国物理学教授钱伟长在报刊上发表了一篇文章，名为《海湾战争的启示》，谈到海湾战争和三峡大坝建设中的人防安全的关系。钱伟长文中表示，三峡水库溃坝的危害，将使长江下游六省市成为泽国，几亿人将陷入绝境。他认为，三峡大坝将成为外部敌人威胁的目标。面对目前的导弹技术，三峡大坝的防御是不可能的。因此，钱伟长建议，三峡工程是千万不应上马，否则就是干自铸达摩克勒斯剑的蠢举。
在三峡大坝拟议修建之初，著名水利专家清华大学教授黄万里从地质、环境、生态、军事诸方面痛陈三峡工程的危害，他预警了三峡水库蓄水后卵石淤塞重庆、四川水患、浩大的工程开销和必将酿成祸患的移民安置，并预言三峡高坝若修建，终将被迫炸掉。因此，他不被邀请参加三峡工程论证。