康熙二年（1663年）吳興祚補江南無錫縣知縣。這裡是南北交通的大道，為各種往來苦苦提供上億的費用，前面的官員因為帑庫虧空累積鉅萬，有三人罷了官補不上錢不得歸鄉，因此被關在獄中的官吏達三十多人。吳興祚到任後，為他們向上級請求豁免，並清理收繳未交的賦稅，儘量補上虧空的錢；該個人賠償的，他還用自己的錢替他們賠償。最終使得官員得以歸鄉，官吏得以全部出獄，他們異口同聲說：「吳公生我！」
遇到飢荒年，人民流徙失業，除了提供粥賑濟飢民，吳興祚還召集流亡失散的人，給他們提供耕牛，勸他們開墾荒地，並因此增加了四千二百多畝可以課稅的田地。在這期間他清丈全縣田畝，編號繪圖，因田征賦；把人們都不願意要的那塊田作為官田，徵租僱役，使各種飛詭隱匿，都行不通。八旗兵駐防蘇州，要經過無錫，吳興祚向都統請來令箭，單騎彈壓。有個士兵取了民眾的一隻雞，立即笞之，這下士兵們都聽受約束了，所以兵過而民不知。他在無錫縣為官十三年，深受百姓愛戴。
也就是在吳興祚任無錫縣知縣期間，一天，有一個姦猾狡詐的人拿着一份總督的公文要求立即提取庫金三千兩。吳留村認為他可疑，於是就盤問了幾句話，那人很快就認了罪。吳留村告訴他說：「乾你們這一行的人都是極聰明的人，所以才能有這樣的手段。倘若今天你落在他人手上，立即就會被斬首。雖然是這樣，但是我看你的外貌長相，將來還是會有出息的。」於是就自己拿出百金，給了騙子，放他離去了。
康熙十五年（1676年），得到漕運總督帥顏保推薦，吳興祚被特擢為福建按察使。有明朝宗室朱統錩耿被精忠私署為敉遠將軍，自稱宜春王，佔據貴溪為患江蘇、浙江、福建三省。有一次吳興祚（吳留村）押解糧餉走海道，半路上忽然遇到海盜搶劫，但是不久海盜就把搶劫的糧餉全部還給了他們。盜賊的頭目來到船上拜見，並叩頭謝罪說：「吳公，您是我的大恩人啊。」吳留村一問才知道，他就是以前拿着公文冒領庫金的那個人；此人還向他獻秘計作內應來報答他。吳留村輕騎至光澤縣，收撫了朱統錩的幾個將領，作為嚮導和內應，幾次擊敗朱統錩後，朱統錩的將領把朱統錩綁縛獻上，率兵投降。
康熙十七年五月，吳興祚擢升為巡撫。當時鄭錦（鄭經）踞廈門，派遣其驍將劉國軒等攻陷了漳、泉屬縣，又圍泉州。吳興祚親自率軍，調兵遣將從陸路和海上擊潰敵軍，解了泉州圍。論功晉兵部尚書。於是吳興祚上疏請求增募水師二萬，計劃奪回廈門。得到康熙帝同意。十八年，吳興祚又與都統吉勒塔布、總督姚啟聖會師擊走了率兵至郭塘、歐溪頭，欲斷江東橋以犯長泰的劉國軒。進秩正一品。十九年正月，吳興祚上疏：招募的士兵已調集訓練完畢，賊軍距我駐師之地僅咫尺之遙，若采風勢之便，鼓將士之氣，定能破賊。隨後吳興祚自泉州會同寧海將軍拉哈達、總兵王英等赴同安，攻克汭洲、潯尾諸隘。渡海，拉哈達出中路，王英在右，吳興祚在左，奮戰，敵大潰，遂攻克廈門。水師提督萬正色已取海壇，復遣兵取金門，餘眾悉竄台灣。至此平定了福建。康熙帝聽到捷報，詔嘉獎，從優敘功。
吳興祚每次臨敵時都身先士卒，他精於騎射，每發必中，經歷大小十餘戰，無堅不摧。而且他善於招撫，先後降賊將軍1人，都督2人，總兵5人，官1335人，士卒65146人，收賊艦67艘，得閩防諭劄印記無算。
康熙二十年（1681年）吳興祚擢升為兩廣總督。他上疏前藩王尚可喜和他的兒子尚之信在廣東橫徵苛斂，民受其害數十年；請求罷免了鹽埠、渡稅、稅總店、漁課諸害。之前為切斷與在台灣的明鄭王朝的聯繫，朝廷發了遷界令，將沿海居民遷往內地。看到民眾苦於失去產業，吳興祚又上疏展界，恣民捕採耕種。當地多盜匪，他嚴定營哨邏查，把抓到的寇首招在自己麾下，讓其捕盜自贖，因此平息了盜患。之前，兩粵的錢不方便流通，二十四年，吳興祚疏請設局鼓鑄錢，使錢流通起來了，人民方便了；而他自己也因此被彈劾降職，命以副都統用。康熙三十一年他出鎮大同，三十四年因為將軍希福所提草價不敷，又降調。當時康熙帝正在親征噶爾丹，於是吳興祚奉命坐鎮沙克舒爾塘。他熟悉塞外道里，轉餉稱旨，詔復原官。第二年，康熙三十六年（1697年），吳興祚在潼城去世，享年六十七。
吳興祚性豪邁，好結交賓客，義氣偉然。與人結交，一見就敞開心扉。對待下位的人，奴僕、馬夫等都有恩義。他每年的薪俸全都用來養戰士，周濟窮乏之人，所以人人都願致死力為他所用。
吳興祚在無錫的時候，練習吏治，使事情能夠在十天內決斷。他明察姦邪、揭發隱秘的壞人壞事有若神明，姦猾的官吏、豪強都收斂、咋舌，不敢放肆。
當年吳留村離開無錫去福建做按察使，車馬將要出發的時候，蒙受他恩惠和保護的無錫的父老鄉親、士人百姓，從縣衙到河岸，一直到了省城的金閭門，綿延八九十里，都哭泣着挽留他，送行的不下幾萬人。那些達官顯貴和被他知遇的人，則駕着船把他阻在水道，設宴餞行，吹奏鼓樂，熱鬧非凡；還有的人端着酒在道路上向他敬獻，也綿延幾十里，人們依依不捨。
等吳興祚位及總督，他只是引大體、去除繁苛而已，而沒人說他專斷。粵人得知他去世的消息，都奔走相告，聚在一起哭泣。他去世後，遠近都愛戴他，他做過官的地方，都把他作為名宦祭祀。
參考文獻：
《清史稿》卷260
《吳興祚列傳》清史館本，故傳005911，國立故宮博物院藏