Kelompok nutrisi primer

Kelompok nutrisi primer adalah kelompok organisme yang dibagi berdasarkan relasi nutrisi sumber energi dan karbon. Sumber energi tersebut dapat berupa cahaya atau senyawa kimia karbon; sumber karbon dapat berasal dari organik atau anorganik. Kelompok nutrisi primer menghasilkan sumber energi yang dibutuhkan oleh mahluk hidup lain agar hidup, tumbuh dan berkembangbiak.^[1]

Istilah respirasi aerob, respirasi anaerob, dan fermentasi (fosforilasi tingkat substrat) tidak ada hubungannya dengan kelompok nutrisi primer. Namun, mencerminkan penggunaan akseptor elektron pada organisme tertentu, seperti oksigen dalam respirasi aerobik, atau nitrat, sulfat, fumarat dalam respirasi anaerobik, atau berbagai zat antara metabolisme dalam fermentasi.

Sumber energi utama

Metabolic modes. AnAnP, anaerobic anoxygenic photosynthesis; OP, oxygenic photosynthesis; AAnP, aerobic anoxygenic photosynthesis; RP/PC, rhodopsin and other pigment; HT, heterotroph; DOM, dissolved organic matter. The diagram was modified from Karl

Mikroorganisme biasanya dikelompokkan menjadi dua yaitu fotrotopi yang hanya mengandalkan energi cahaya untuk diubah menjadi elektron dan kemotrofi yang memproses senyawa organik atau anorganik sebagai sumber energinya untuk menjadi elektron.

Kemotrofi dibagi menjadi dua bagian yaitu organotrof yaitu elektron dihasilkan dari senyawa organik dan litotrof yaitu elektron dihasilakn dari senyawa anorganik.

Sedangkan sebagai sumber biomassa metabolisme dibagi menjadi dua juga yaitu autotrof menggunakan karbon anorganik dan heterotrof menggunakan karbon organik^[1]. Seringnya organisme kemotrofi termasuk kedalam heterotrof dan organisme fototropi adalah autotrof.

Energi yang dihasilkan dari proses metabolisme berupa energi potensial yang disimpan sebagai dalam ATP, karbohidrat, atau protein. Akhirnya, energi tersebut digunakan untuk proses kehidupan seperti bergerak, tumbuh dan berkembang biak. Tanaman dan beberapa bakteri dapat berganti-ganti antara fototrofi dan kemotrofi, tergantung pada ketersediaan cahaya^[2].

Tabel metabolisme primer

Tabel berikut memberikan beberapa contoh untuk setiap kelompok nutrisi:^[3]^[4]^[5]^[6]

Sumber Energi	Elektron/ H-atom donor	Sumber Karbon	Nama	Contoh
Sinar Matahari Photo-	Organik -organo-	Organik -heterotroph	Photoorganoheterotroph	Beberapa bakteri: Rhodobacter, Heliobacterium, beberapa bakteri hijau non-sulfur
	Organik -organo-	Carbon dioxide -autotroph	Photoorganoautotroph	Beberapa archaea (Haloarchaea) melakukan fotosintesis anoksigenik dan memperbaiki karbon atmosfer.
	Anorganik -litho-*	Organik -heterotroph	Photolithoheterotroph	Bakteri ungu non-sulfur
	Anorganik -litho-*	Karbon dioksida -autotroph	Photolithoautotroph	Beberapa bakteri (sianobakteri), beberapa eukariota (alga, tumbuhan darat).
Memecah senyawa kimia Chemo-	Organik -organo-	Organik -heterotroph	Chemoorganoheterotroph	Predator, parasit, and sapropitik prokariot. beberapa eukariota (heterotrof protista, jamur, hewan)
	Organik -organo-	Karbon dioksida -autotroph	Chemoorganoautotroph	Beberapa archaea metan.^[7] bakteri Escherichia coli ^[1] dan jamur Pichia pastoris.^[8]
	Anorganik -litho-*	Organik -heterotroph	Chemolithoheterotroph	Beberapa bakteri (Oceanithermus profundus)^[9]
	Anorganik -litho-*	Karbon dioksida -autotroph	Chemolithoautotroph	Beberapa bakteri (Nitrobacter), beberapa archaea (Methanobacteria).

Beberapa peneliti menggunakan kata -hydro- ketika sumbernya adalah air

Referensi

^ ^a ^b ^c Eiler, Alexander (2006-12). "Evidence for the Ubiquity of Mixotrophic Bacteria in the Upper Ocean: Implications and Consequences". Applied and Environmental Microbiology (dalam bahasa Inggris). 72 (12): 7431–7437. doi:10.1128/AEM.01559-06. ISSN 0099-2240. PMC 1694265  . PMID 17028233. Pemeliharaan CS1: Format PMC (link)
^ Coliform Bacteria. Elsevier. 1970. hlm. 202–220.
^ Lwoff A, Van Niel CB, Ryan TF, Tatum EL (1946). "Nomenclature of nutritional types of microorganisms" (PDF). Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology (edisi ke-5th). 11: 302–303.
^ Andrews JH (1991). Comparative Ecology of Microorganisms and Macroorganisms. Berlin: Springer Verlag. hlm. 68. ISBN 978-0-387-97439-2.
^ Yafremava LS, Wielgos M, Thomas S, Nasir A, Wang M, Mittenthal JE, Caetano-Anollés G (2013). "A general framework of persistence strategies for biological systems helps explain domains of life". Frontiers in Genetics. 4: 16. doi:10.3389/fgene.2013.00016  . PMC 3580334  . PMID 23443991.
^ Margulis L, McKhann HI, Olendzenski L, ed. (1993). Illustrated Glossary of Protoctista: Vocabulary of the Algae, Apicomplexa, Ciliates, Foraminifera, Microspora, Water Molds, Slime Molds, and the Other Protoctists. Jones & Bartlett Learning. hlm. xxv. ISBN 978-0-86720-081-2.
^ Kellermann MY, Wegener G, Elvert M, Yoshinaga MY, Lin YS, Holler T, et al. (November 2012). "Autotrophy as a predominant mode of carbon fixation in anaerobic methane-oxidizing microbial communities". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 109 (47): 19321–6. Bibcode:2012PNAS..10919321K. doi:10.1073/pnas.1208795109  . PMC 3511159  . PMID 23129626.
^ Gassler T, Sauer M, Gasser B, Egermeier M, Troyer C, Causon T, et al. (December 2019). "2". Nature Biotechnology. 38 (2): 210–216. doi:10.1038/s41587-019-0363-0. PMC 7008030  . PMID 31844294.
^ Miroshnichenko ML, L'Haridon S, Jeanthon C, Antipov AN, Kostrikina NA, Tindall BJ, et al. (May 2003). "Oceanithermus profundus gen. nov., sp. nov., a thermophilic, microaerophilic, facultatively chemolithoheterotrophic bacterium from a deep-sea hydrothermal vent". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 53 (Pt 3): 747–52. doi:10.1099/ijs.0.02367-0  . PMID 12807196.

[:0-1] Eiler, Alexander (2006-12). "Evidence for the Ubiquity of Mixotrophic Bacteria in the Upper Ocean: Implications and Consequences". Applied and Environmental Microbiology (dalam bahasa Inggris). 72 (12): 7431–7437. doi:10.1128/AEM.01559-06. ISSN 0099-2240. PMC 1694265  . PMID 17028233. Pemeliharaan CS1: Format PMC (link)

[2] Coliform Bacteria. Elsevier. 1970. hlm. 202–220.

[3] Lwoff A, Van Niel CB, Ryan TF, Tatum EL (1946). "Nomenclature of nutritional types of microorganisms" (PDF). Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology (edisi ke-5th). 11: 302–303.

[4] Andrews JH (1991). Comparative Ecology of Microorganisms and Macroorganisms. Berlin: Springer Verlag. hlm. 68. ISBN 978-0-387-97439-2.

[pmid23443991-5] Yafremava LS, Wielgos M, Thomas S, Nasir A, Wang M, Mittenthal JE, Caetano-Anollés G (2013). "A general framework of persistence strategies for biological systems helps explain domains of life". Frontiers in Genetics. 4: 16. doi:10.3389/fgene.2013.00016  . PMC 3580334  . PMID 23443991.

[6] Margulis L, McKhann HI, Olendzenski L, ed. (1993). Illustrated Glossary of Protoctista: Vocabulary of the Algae, Apicomplexa, Ciliates, Foraminifera, Microspora, Water Molds, Slime Molds, and the Other Protoctists. Jones & Bartlett Learning. hlm. xxv. ISBN 978-0-86720-081-2.

[pmid23129626-7] Kellermann MY, Wegener G, Elvert M, Yoshinaga MY, Lin YS, Holler T, et al. (November 2012). "Autotrophy as a predominant mode of carbon fixation in anaerobic methane-oxidizing microbial communities". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 109 (47): 19321–6. Bibcode:2012PNAS..10919321K. doi:10.1073/pnas.1208795109  . PMC 3511159  . PMID 23129626.

[:1-8] Gassler T, Sauer M, Gasser B, Egermeier M, Troyer C, Causon T, et al. (December 2019). "2". Nature Biotechnology. 38 (2): 210–216. doi:10.1038/s41587-019-0363-0. PMC 7008030  . PMID 31844294.

[pmid12807196-9] Miroshnichenko ML, L'Haridon S, Jeanthon C, Antipov AN, Kostrikina NA, Tindall BJ, et al. (May 2003). "Oceanithermus profundus gen. nov., sp. nov., a thermophilic, microaerophilic, facultatively chemolithoheterotrophic bacterium from a deep-sea hydrothermal vent". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 53 (Pt 3): 747–52. doi:10.1099/ijs.0.02367-0  . PMID 12807196.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]