Fue fundada en 1914 por las tres asociaciones regionales existentes entonces (Lisboa, Portalegre y Porto) y está afiliada a la FIFA desde 1923. En 1954 fue una de las asociaciones fundadoras de la UEFA. La Unión de Fútbol de Portugal fue la predecesora de la actual Federación Portuguesa de Fútbol, que obtuvo este nombre en el Congreso Extraordinario del 28 de mayo de 1926.
En los primeros años de su existencia, la UPF se limitaba a organizar algunas reuniones entre los equipos de Lisboa y Oporto, y presentó la candidatura de Portugal a la inclusión dentro de la FIFA que se acordó en el XII Congreso de la FIFA, organizada en Ginebra en mayo de 1923, y por la que Portugal se convirtió en miembro de ese cuerpo.
La FPF está integra por 22 federaciones territoriales, que rigen el fútbol en los respectivos distritos de Portugal. Aunque los tres distritos de las Azores y el Madeira (Funchal) se suprimieron en 1976, las respectivas federaciones siguen existiendo.